警告。。。。。我是一个相对的python noob,对使用f2py完全陌生。在
我试着尽职尽责,并在互联网上寻找我问题的答案,但我运气不佳。这很可能是因为我对这个问题一无所知。在
我的问题是:我有一个遗留的fortran(f77)子例程,以及该子例程用来从数据文件中读取各种数组的函数。这个数据文件本身就是几个f77原子物理代码之一的结果。在
我想用f2py包装fortran子例程/函数,并且可以访问以numpy数组形式存储在文件中的数据。我一直致力于如何在python中正确地分配数组。我在ubuntu14.04(64位)上使用Anaconda python发行版(python3.4-64位)和gfortran编译器。在
我成功地(我希望)使用py2f,使用py2f -h <filename.py2f> <input files>
创建了一个python签名文件。这是签名文件的内容。我为它的长度道歉。这是一个相当长的子程序,有很多变量。在
! -*- f90 -*-
! Note: the context of this file is case sensitive.
subroutine xxdata_04(iunit,ndlev,ndtrn,ndmet,ndqdn,nvmax,titled,iz,iz0,iz1,bwno,npl,bwnoa,lbseta,prtwta,cprta,il,qdorb,lqdorb,qdn,iorb,ia,cstrga,isa,ila,xja,wa,cpla,npla,ipla,zpla,nv,scef,itran,maxlev,tcode,i1a,i2a,aval,scom,beth,iadftyp,lprn,lcpl,lorb,lbeth,letyp,lptyp,lrtyp,lhtyp,lityp,lstyp,lltyp,itieactn,ltied) ! in xxdata04_string.for
integer :: iunit
integer, optional,check(len(ia)>=ndlev),depend(ia) :: ndlev=len(ia)
integer, optional,check(shape(tcode,0)==ndtrn),depend(tcode) :: ndtrn=shape(tcode,0)
integer, optional,check(len(bwnoa)>=ndmet),depend(bwnoa) :: ndmet=len(bwnoa)
integer, optional,check(len(qdn)>=ndqdn),depend(qdn) :: ndqdn=len(qdn)
integer, optional,check(len(scef)>=nvmax),depend(scef) :: nvmax=len(scef)
character*3 :: titled
integer :: iz
integer :: iz0
integer :: iz1
real*8 :: bwno
integer :: npl
real*8 dimension(ndmet) :: bwnoa
logical dimension(ndmet),depend(ndmet) :: lbseta
real*8 dimension(ndmet),depend(ndmet) :: prtwta
character dimension(ndmet,9),depend(ndmet) :: cprta
integer :: il
real*8 dimension((ndqdn*(ndqdn+1))/2),depend(ndqdn) :: qdorb
logical dimension((ndqdn*(ndqdn+1))/2),depend(ndqdn) :: lqdorb
real*8 dimension(ndqdn) :: qdn
integer :: iorb
integer dimension(ndlev) :: ia
character dimension(ndlev,(*)),depend(ndlev) :: cstrga
integer dimension(ndlev),depend(ndlev) :: isa
integer dimension(ndlev),depend(ndlev) :: ila
real*8 dimension(ndlev),depend(ndlev) :: xja
real*8 dimension(ndlev),depend(ndlev) :: wa
character dimension(ndlev,1),depend(ndlev) :: cpla
integer dimension(ndlev),depend(ndlev) :: npla
integer dimension(ndmet,ndlev),depend(ndmet,ndlev) :: ipla
real*8 dimension(ndmet,ndlev),depend(ndmet,ndlev) :: zpla
integer :: nv
real*8 dimension(nvmax) :: scef
integer :: itran
integer :: maxlev
character dimension(ndtrn,1) :: tcode
integer dimension(ndtrn),depend(ndtrn) :: i1a
integer dimension(ndtrn),depend(ndtrn) :: i2a
real*8 dimension(ndtrn),depend(ndtrn) :: aval
real*8 dimension(nvmax,ndtrn),depend(nvmax,ndtrn) :: scom
real*8 dimension(ndtrn),depend(ndtrn) :: beth
integer :: iadftyp
logical :: lprn
logical :: lcpl
logical :: lorb
logical :: lbeth
logical :: letyp
logical :: lptyp
logical :: lrtyp
logical :: lhtyp
logical :: lityp
logical :: lstyp
logical :: lltyp
integer :: itieactn
logical dimension(ndlev),depend(ndlev) :: ltied
end subroutine xxdata_04
function i4unit(iunit) ! in i4unit.for
integer :: iunit
integer :: i4unit
end function i4unit
subroutine xxword(ctext,cdelim,nfirst,iwords,ifirst,ilast,nwords) ! in xxword.for
character*(*) :: ctext
character*(*) :: cdelim
integer :: nfirst
integer, optional,check(len(ifirst)>=iwords),depend(ifirst) :: iwords=len(ifirst)
integer dimension(iwords) :: ifirst
integer dimension(iwords),depend(iwords) :: ilast
integer :: nwords
end subroutine xxword
subroutine xxslen(cstrng,ifirst,ilast) ! in xxslen.for
character*(*) :: cstrng
integer :: ifirst
integer :: ilast
end subroutine xxslen
subroutine xxprs1(ndmet,string_bn,wno,cpl,npt,ipla,zpla,ifail) ! in xxprs1.for
integer*4, optional,check(len(ipla)>=ndmet),depend(ipla) :: ndmet=len(ipla)
character*(*) :: string_bn
real*8 :: wno
character*1 :: cpl
integer*4 :: npt
integer*4 dimension(ndmet) :: ipla
real*8 dimension(ndmet),depend(ndmet) :: zpla
integer*4 :: ifail
end subroutine xxprs1
function r8fctn(str,iabt) ! in r8fctn.for
character*(*) :: str
integer :: iabt
real*8 :: r8fctn
end function r8fctn
function i4fctn(str,iabt) ! in i4fctn.for
character*(*) :: str
integer :: iabt
integer :: i4fctn
end function i4fctn
function i4idfl(n,l) ! in i4idfl.for
integer :: n
integer :: l
integer :: i4idfl
end function i4idfl
subroutine xxpars(ndmet,strng1,npt,bwnoa,lseta,prtwta,cprta,ifail,itype) ! in xxpars.for
integer*4, optional,check(len(bwnoa)>=ndmet),depend(bwnoa) :: ndmet=len(bwnoa)
character*(*) :: strng1
integer*4 :: npt
real*8 dimension(ndmet) :: bwnoa
logical dimension(ndmet),depend(ndmet) :: lseta
real*8 dimension(ndmet),depend(ndmet) :: prtwta
character dimension(ndmet,(*)),depend(ndmet) :: cprta
integer*4 :: ifail
integer*4 :: itype
end subroutine xxpars
subroutine xxrmve(cstrg1,cstrg2,crmve) ! in xxrmve.for
character*(*) :: cstrg1
character*(*) :: cstrg2
character*1 :: crmve
end subroutine xxrmve
subroutine xxcase(input,output,type_bn) ! in xxcase.for
character*(*) :: input
character*(*) :: output
character*2 :: type_bn
end subroutine xxcase
! This file was auto-generated with f2py (version:2).
! See http://cens.ioc.ee/projects/f2py2e/
然后我用f2py -c -m <filename> <input files>
编译。编译已完成,但未出现一些警告,但没有错误。生成的python共享对象是adf04_2py.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so
我已经开始构建一个python脚本,我想用它来导入共享对象并调用“xxdata_04”子例程。到目前为止,我的流程是。。。。。在
我相信有更好的方法来实现这一点,但是fortran代码很多,而且有些冗长,而不是我自己的,所以这似乎是最直接的方法。在
到目前为止,我的脚本是这样的:
^{pr2}$目前,它失败的原因是:
runfile('/home/ivan/GoogleDrive/AUAMO/codes/read_adf04_2py/xxdata_04/read_adf2py.py', wdir='/home/ivan/GoogleDrive/AUAMO/codes/read_adf04_2py/xxdata_04')
File "/home/ivan/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/spyderlib/widgets/externalshell/sitecustomize.py", line 699, in runfile
execfile(filename, namespace)
File "/home/ivan/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/spyderlib/widgets/externalshell/sitecustomize.py", line 88, in execfile
exec(compile(open(filename, 'rb').read(), filename, 'exec'), namespace)
File "/home/ivan/GoogleDrive/AUAMO/codes/read_adf04_2py/xxdata_04/read_adf2py.py", line 32, in <module>
ltied )
error: failed in converting 11st argument `cprta' of adf04_2py.xxdata_04 to C/Fortran array
根据签名文件,cprta应该是一个shape((ndmet),(#of characters))的字符数组,其中ndmet是亚稳状态的个数,字符数是9。我试着用np.A阵列. 我仍然得到“在转换adf04的第11个参数'cprta'时失败”py.xxdata U 04号到C/Fortran数组“错误。在
有什么帮助吗?我完全知道我不知道我在做什么。在
感谢朱总解决了这个问题。从终端运行脚本会给出一条信息更丰富的错误消息。在
我重新分配了字符串数组,使其具有1 x 9的维数,错误消失了。在
^{pr2}$现在我得到了一个segfault,但我认为这是另一个问题。在
谢谢朱老师!在
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