python设置.py安装pythonbioformats时egg_info失败

Question

我正在开发Ubuntu16.04，并安装了virtualenvs。我在一个环境中尝试安装python生物格式 官方的website的安装说明只是指示安装为：

pip install python-bioformats

我做了，但是我收到了以下错误消息：

^{pr2}$

我想这意味着我需要javabridge。我试图安装，但也收到一个错误：

(env2) daniel@Caenor:~$ pip install javabridge
Collecting javabridge
  Using cached javabridge-1.0.14.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/setup.py", line 375, in <module>
        ext_modules=ext_modules(),
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/setup.py", line 93, in ext_modules
        java_home = find_javahome()
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/javabridge/locate.py", line 73, in find_javahome
        java_bin = get_out(["bash", "-c", "type -p java"])
      File "/tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/javabridge/locate.py", line 70, in get_out
        raise Exception("Error finding javahome on linux: %s" % cmd)
    Exception: Error finding javahome on linux: ['bash', '-c', 'type -p java']

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-KrBfqr/javabridge/

从documentation安装javabridge，我需要numpy（我已经有了）、Java开发工具包（JDK）和一个C编译器。在

我已经安装了JPype1（我想这是JDK） 我试图安装Javabridge，但又遇到了错误。在

安装Javabridge和python生物格式缺少什么？在

Answer 1

问题是你已经安装了note的Java。您需要在系统上安装Java。如果您认为它已经安装，那么请确保它不在Linux的路径上来搜索可执行文件，并且需要将Java的路径添加到环境变量PATH。每当您将Java安装/添加到Linux的PATH中，然后在命令行上执行type -p java，它应该返回java可执行文件的路径。在