快速解析FASTQ文件的方法？

Question

我现在有一个300000多个用于解析文件的FASTQ标识符代码的列表。在

我的文件结构当前设置如下：

@[FASTQ identifier] [random text]

[DNA sequence]

+

[DNA sequence quality score]

这个4行结构在整个文件中重复出现。当前脚本的设置方式是从FASTQ文件中提取FASTQ标识符，并查看它是否存在于FASTQ标识符列表中。如果是，则将其写入输出文件。但是，解析这些文件所需的时间非常慢（尤其是当列表包含1E6+标识符或FASTQ文件特别大时）。有没有办法让我的脚本更快地处理FASTQ文件？在

以下是我执行解析的代码部分：

with open (input_r1_file,'r') as input_file:
while True:
    title = input_file.readline()
    sequence = input_file.readline()
    extra = input_file.readline()
    quality = input_file.readline()

    input_identifier = title.split(' ')[0][1:]
    if input_identifier in alpha_identifier_list:
        output_file_r1a.write(title)
        output_file_r1a.write(sequence)
        output_file_r1a.write(extra)
        output_file_r1a.write(quality)
        alpha_identifier.remove(input_identifier)
    else:
        pass
    if len(title) == 0:
        break