从python执行R脚本

Question

我有一个R脚本，可以制作几个情节。我希望能够从python执行这个脚本。

我第一次尝试：

import subprocess
subprocess.call("/.../plottingfile.R", shell=True)

这会导致以下错误：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied
126

我不知道126号是什么意思。我的所有文件都在桌面上，因此我认为不需要任何特殊权限？我认为这个错误可能与cwd=none有关，但我更改了这个，仍然有一个错误。

接下来我尝试了以下操作：

subprocess.Popen(["R --vanilla --args </.../plottingfile.R>"], shell = True)

但这也给了我一个错误：

/bin/sh: Syntax error: end of file unexpected.

最近我试过：

subprocess.Popen("konsole | /.../plottingfile.R", shell = True)

这打开了一个新的konsole窗口，但没有运行R脚本。另外，我收到以下错误：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied

谢谢。

Answer 1

你试过chmod u+x /pathTo/Rscript.R吗？

Answer 2

Shell错误126是一个执行错误。

拒绝的权限意味着您有一个特别的“权限问题”。

转到该文件并确保R/Python能够访问它。 我会先试试这个：

$sudo chmod 777 /.../plottingfile.R

如果代码运行，请给它正确但不易访问的权限。

如果这不起作用，请尝试将R改为Rscript。

Answer 3

首先，确保您的plattingfile.R脚本位于可以访问的位置。通常是同一个目录。

我在网上看到有一个名为RScript的实用程序，它用于从命令行执行R脚本。因此，为了运行脚本，您可以像这样使用python：

import subprocess
retcode = subprocess.call(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'])

这将在成功完成后返回retcode0。如果plottingfile.R返回某种输出，它将在STDOUT上抛出。如果它拉起一些图形用户界面，那么它就会出现。

如果要捕获stdout和stderr，请按如下方式执行：

import subprocess
proc = subprocess.Popen(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
stdout, stderr = proc.communicate()

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