我编写了一个小python程序来迭代数据文件(input_file)并执行计算。如果计算结果达到某些状态(stateA或stateB),则从结果中提取信息(点击)。要提取的命中取决于三个参数集中的参数。
我使用字典来存储我的参数集(param_sets)和列表字典来存储命中率(hits)。字典param_sets和点击具有相同的键。在
问题是
在hits字典中的列表是以某种方式耦合的。当一个列表更改时(通过调用extract_hits函数),其他列表也会更改。在
这里是(简称)代码:
import os, sys, csv, pdb
from operator import itemgetter
# define three parameter sets
param_sets = {
'A' : {'MIN_LEN' : 8, 'MAX_X' : 0, 'MAX_Z' : 0},
'B' : {'MIN_LEN' : 8, 'MAX_X' : 1, 'MAX_Z' : 5},
'C' : {'MIN_LEN' : 9, 'MAX_X' : 1, 'MAX_Z' : 5}}
# to store hits corresponding to each parameter set
hits = dict.fromkeys(param_sets, [])
# calculations
result = []
for input_values in input_file:
# do some calculations
result = do_some_calculations(result, input_values)
if result == stateA:
for key in param_sets.keys():
hits[key] = extract_hits(key, result,
hits[key],
param_sets[key]['MIN_LEN'],
param_sets[key]['MAX_X'],
param_sets[key]['MAX_Z'])
result = [] # discard results, start empty result list
elif result == stateB:
for key in param_sets.keys():
local_heli[key] = extract_hits(key,
result,
hits[key],
param_sets[key]['MIN_LEN'],
param_sets[key]['MAX_X'],
param_sets[key]['MAX_Z'])
result = [] # discard results
result = some_calculation(input_values) # start new result list
else:
result = some_other_calculation(result) # append result list
def extract_hits(k, seq, hits, min_len, max_au, max_gu):
max_len = len(seq)
for sub_seq_size in reversed(range(min_len, max_len+1)):
for start_pos in range(0,(max_len-sub_seq_size+1)):
from_inc = start_pos
to_exc = start_pos + sub_seq_size
sub_seq = seq[from_inc:to_exc]
# complete information about helical fragment sub_seq
helical_fragment = get_helix_data(sub_seq, max_au, max_gu)
if helical_fragment:
hits.append(helical_fragment)
# search seq regions left and right from sub_seq for further hits
left_seq = seq[0:from_inc]
right_seq = seq[to_exc:max_len]
if len(left_seq) >= min_len:
hits = sub_check_helical(left_seq, hits, min_len, max_au, max_gu)
if len(right_seq) >= min_len:
hits = sub_check_helical(right_seq, hits, min_len, max_au, max_gu)
print 'key', k # just for testing purpose
print 'new', hits # just for testing purpose
print 'frag', helical_fragment # just for testing purpose
pdb.set_trace() # just for testing purpose
return hits # appended
return hits # unchanged
这里是python调试器的一些输出:
^{pr2}$来自键A的元素不应出现在键B中,键A和键B的元素不应出现在键C中。在
默认情况下,字典和列表是通过引用传递的。对于字典,而不是:
它将是:
^{pr2}$这将复制字典的键/值对,从而生成一个等效字典,该字典不包含将来对hits字典的更改。在
当然,第二个函数中的hits_old实际上是一个列表,而不是一个字典,因此您需要执行类似以下操作来复制它:
我不知道为什么列表没有copy()函数,以防您疑惑。在
你的台词:
相当于:
^{pr2}$也就是说,
hits
中的每个条目都有相同的list对象作为其值,最初是空的,不管它有什么键。请记住,赋值不执行隐式复制:相反,它指定“对RHS对象的另一个引用”。在你想要的是:
也就是说,一个新的单独的列表对象作为每个条目的值。相当于
顺便说一句,当您需要创建容器的(浅)副本时,最常用的方法通常是调用容器的类型,以旧容器作为参数,如:
以此类推;这还可以在类型之间转换容器(
newlist = list(oldset)
从集合中生成一个列表,依此类推)。在相关问题 更多 >
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