使用字典匹配密码子

Question

我试图创建一个函数codon_pairs(pairs, codonsA, codonsB)，它接受三个参数：字典pairs和两个列表codonsA和{}。字典包含碱基对，密码子列表包含密码子序列。我试图为codonsB中的每个密码子序列找到codonsB中的互补密码子序列，并返回如下匹配对：

pairs = {'A':'T', 'C':'G', 'T':'A', 'G':'C'}
codonsA = ['AAG', 'TAC', 'CGG', 'GAT', 'TTG', 'GTG', 'CAT', 'GGC', 'ATT', 'TCT']
codonsB = ['TAA', 'CTA', 'AAC', 'TTC', 'AGA', 'CCC', 'CCG', 'GTA']

print(codons_pairs(pairs, condonsA, codonsB))

[('AAG', 'TTC'), ('GAT', 'CTA'), ('TTG', 'AAC'), ('CAT', 'GTA'), ('GGC',   'CCG'), ('ATT', 'TAA'), ('TCT', 'AGA')]

二元组中的第一项是来自codonsA的密码子，第二项是来自codonsB的匹配密码子。例如，序列AAG（codonsA[0]）和TCC（codonsB[3]）是匹配对，因为A的碱基对是T，G的碱基对是C，在pairs字典中突出显示。在

另一方面，如果找不到匹配对，它将从最终结果中忽略。在

到目前为止，我得到的是：

^{pr2}$

我只是不知道如何检查codonsA和{}之间的对，就字典而言。任何帮助都将不胜感激。在

Answer 1

将codonsB转换为set()以进行快速检查（O（1）成员身份测试，无需嵌套循环），然后通过pairs映射映射来自A的每个密码子，并根据集合测试结果：

def codons_pair(pairs, codonsA, codonsB):
    codonsB = set(codonsB)
    for codon in codonsA:
        complement = ''.join([pairs[base] for base in codon])
        if complement in codonsB:
            yield (codon, complement)

找到它们的生成函数。您可以使用list()函数将生成的生成器转换为一个列表，或者只迭代该函数。在

演示：

^{pr2}$