索引器：如何修复索引器中的索引

Question

我第一次设置一个新的snakemake管道，遇到了代码问题。在

一开始我就试着让它变得很简单。在

configfile: "config.yaml"
SAMPLES, = glob_wildcards("data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz")

rule all:
    input:
        expand("umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz", sample=SAMPLES)
rule umi_tools_extract:
    input:
        "data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz"
    output:
        "umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz"
    shell:
        "umi_tools extract --extract-method=regex --bc-pattern=”(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*” -I {input} -S {output}"

以下是我收到的输出：

^{pr2}$

如果从regex模式中删除此部分，则不会出现错误：

--bc-pattern=”(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*”

那我就不会出错了。我该怎么办？在

Answer 1

您需要通过doubling the brackets在shell命令中转义{4}和{}的大括号。Snakemake认为它们是某种类型的变量，而事实并非如此，因此出现了错误。在

shell:
    "umi_tools extract  extract-method=regex  bc-pattern=”(?P<umi_1>.{{6}})(?P<discard_1>.{{4}}).*” -I {input} -S {output}"