如何更改python脚本，使其在文件不存在时继续循环

Question

在我的脚本中，我在多个子目录中循环，并在子目录中创建一个包含3个文件的数据帧。我想把每个子目录的输出写到每个子目录中，但是我的代码在带有的行中给出了一个错误：“df1notdefined”

dfmerge1 = pd.merge(df1, df2, on=['genome', 'contig'], how='outer')

这可能是由于并非所有文件都存在于子目录中，并且脚本停止。如果一个子目录不包含所有三个文件，我希望脚本继续下一个子目录。我怎么能做到呢？在

我的代码是

^{pr2}$

Answer 1

您正确地检查了filepath的存在，但是您没有处理文件不存在的情况。因此，如果文件不在那里，那么df1将是上一次循环迭代的剩余值，或者如果这是第一次通过循环，则未定义。在

if os.path.isfile(filepath):
    with open(filepath, 'r') as f1:
        df1 = pd.read_csv(f1, header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"])
        df1['genome'] = os.path.basename(os.path.dirname(filepath))
else:
    continue