我不能运行我的帽子功能

Question

我正在使用topcat命令进行一个转录组汇编。 在一个文件夹里我有我的参考基因组在GTF在同一个文件夹里我有我的蝴蝶结索引文件。 在另一个文件夹里，我有两个分开的fasta文件。我把命令放到了tophat，但似乎找不到bowtie索引文件。我正在使用tophat 1.41，六个蝴蝶结文件在.ebwt中。在

我正在输入下一个命令

tophat -o myfolder --mate-inner-dist 50 --mate-std-dev 20 -p 5 
/file/file1/myfolder/myfolder2/referencegenome.gtf /file/file1/myfolder/myfolder2 
/file/file1/myfolder/transcriptome_1.fastq /file/file1/myfolder/transcriptome_1.fastq

我的文件夹里有我的ebwt文件。我用bowtie build命令创建了它们，并从JGI-in.gff下载了我的参考基因组，后来我将其转化为.gtf。在

对我做错了什么有什么建议吗？ tophat命令找不到这些文件，即使它们在myfolder2中。在

Answer 1

一些评论 1把你的fastq读物映射到参考基因组或转录组。不是集合。在

1. 如果你有一个参考基因组，比如参考基因组.fa，然后需要使用蝴蝶结来构建索引。在这种情况下，建议使用与基因组fasta文件相同的前缀命名索引，即referencegenome。在

那么，你就会明白了参考基因组.ebwt文件和您的参考基因组.fa以及参考基因组.gtf文件都放在同一目录中

但是使用TopHat，您需要调用引用和索引的基因组，方法是将其称为referencegenome（只使用索引文件的前缀）。不需要添加gtf、ebwt或fa结尾）。在

您是通过调用gtf文件来完成的，因此没有找到索引文件。也不是参考基因组，所以TopHat不能为你建立索引

我也建议你去看看seqanwers.com网站以及biostars.org网站，两个专门讨论NGS的论坛 格雷戈是对的。这和R无关