如果一个复杂的Python版本我可以告诉自己如果一个复杂的字符串

Question

我在读this post，我想知道是否有人能找到方法将重复的主题捕捉成更复杂的字符串。在

例如，在

string = 'AAACACGTACGTAATTCCGTGTGTCCCCTATACGTATACGTTT'

这里重复的主题： “AAACACGTACGTAATTCCGTGTGTCCCCTATACGTTT”

所以，输出应该是这样的：

^{pr2}$

这个例子来自一种被称为微卫星的典型生物现象，它存在于DNA中。在

更新1:已从字符串变量中删除星号。这是个错误。在

更新2：单字符主题不算在内。例如：在ACGUGAAAGUC中，不考虑“A”基序。在

Answer 1

这个简单的while循环检测所有重复的模式：

def expand():
    global hi
    hi += 1

def shrink():
    global lo
    lo += 1

s = 'AAACACGTACGTAATTCCGTGTGTCCCCTATACGTATACGTTT'

motifs = set()

lo = 0
hi = 0

f = expand

while hi <= len(s):
    sub = s[lo : hi+1]
    if s.count(sub) > 1:
        motifs.add(sub)
        if lo==hi: f = expand
        f()
    else:
        f = shrink if lo<=hi else expand
        f()

此时，motifs包含所有重复的模式。。。让我们用一些标准来筛选它们：

^{pr2}$