python到cython消除python调用

Question

我正在尝试将以下循环转换为cython：

cimport numpy as np
cimport cython
@cython.boundscheck(False) # turn of bounds-checking for entire function
def Interpolation(cells, int nmbcellsx):
    cdef np.ndarray[float, ndim=1] x,y,z
    cdef int i,j,len
    for i in range(nmbcellsx):
      x = cells[i].x
      y = cells[i].y
      z = cells[i].z
      len = x.size
      for j in range(len):
         x[j] = x[j] * y[j] * z[j]

    return 0

到目前为止，一切看起来还不错，但是访问cells[i].*仍然需要python调用。这会阻止i循环的并行化。在

下面是一个cython反馈（由cython-a生成）：

cython -a feedback

因此，问题是：如何删除这些python回调（即，使第9-12行变为白色）？在

当我尝试像这样添加单元格类型时：

^{pr2}$

我收到以下cython错误：dtype必须是“object”、数值类型或结构（它正在抱怨声明中的单元格）

非常感谢。在

Answer 1

用Typed Memoryview怎么样？在

cimport cython

cdef class cell_t:
    cdef public float[:] x, y, z

    def __init__(self, x, y, z):
        self.x = x
        self.y = y
        self.z = z


@cython.boundscheck(False) # turn of bounds-checking for entire function
def Interpolation(cell_t[:] cells, int nmbcellsx):
    cdef float[:] x,y,z
    cdef int i,j,length
    cdef cell_t cell
    for i in range(nmbcellsx):
        cell = cells[i]
        x = cell.x
        y = cell.y
        z = cell.z
        length = len(x)
        for j in range(length):
            x[j] = x[j] * y[j] * z[j]
    return 0

测试代码如下：

^{pr2}$

以及输出：

[  28.   80.  162.]
[ 6.  6.  6.  6.  6.]

Answer 2

您没有告诉Cython您的cells参数的类型，因此它将使用Python查找方法。尝试将定义更改为以下内容：

def Interpolation(np.ndarray cells, int nmbcellsx):

这将告诉Cython它正在获取ndarray类型，因此可以使用C访问。在