我正在研究神经元模型。我正在设计的一个类是细胞类,它是一个神经元的拓扑描述(几个部分连接在一起)。它有许多参数,但它们都是相关的,例如:
轴突段数、顶端分叉、体细胞长度、体细胞直径、顶端长度、分枝随机性、分枝长度等。。。总共大约有15个参数!
我可以将所有这些设置为一些默认值,但我的类看起来很疯狂,有几行参数。这种事情偶尔也会发生在别人身上,是不是有更好的方法来设计这个,还是我做的对?
更新: 正如你们中的一些人所要求的,我已经附上了这个类的代码,正如你们所看到的,这个类有大量的参数(>;15),但它们都是用来定义单元格拓扑结构的,而且是必需的。问题本质上是他们创造的物理物体非常复杂。我附加了一个这个类生成的对象的图像表示。经验丰富的程序员如何以不同的方式避免定义中的这么多参数?
class LayerV(__Cell):
def __init__(self,somatic_dendrites=10,oblique_dendrites=10,
somatic_bifibs=3,apical_bifibs=10,oblique_bifibs=3,
L_sigma=0.0,apical_branch_prob=1.0,
somatic_branch_prob=1.0,oblique_branch_prob=1.0,
soma_L=30,soma_d=25,axon_segs=5,myelin_L=100,
apical_sec1_L=200,oblique_sec1_L=40,somadend_sec1_L=60,
ldecf=0.98):
import random
import math
#make main the regions:
axon=Axon(n_axon_seg=axon_segs)
soma=Soma(diam=soma_d,length=soma_L)
main_apical_dendrite=DendriticTree(bifibs=
apical_bifibs,first_sec_L=apical_sec1_L,
L_sigma=L_sigma,L_decrease_factor=ldecf,
first_sec_d=9,branch_prob=apical_branch_prob)
#make the somatic denrites
somatic_dends=self.dendrite_list(num_dends=somatic_dendrites,
bifibs=somatic_bifibs,first_sec_L=somadend_sec1_L,
first_sec_d=1.5,L_sigma=L_sigma,
branch_prob=somatic_branch_prob,L_decrease_factor=ldecf)
#make oblique dendrites:
oblique_dends=self.dendrite_list(num_dends=oblique_dendrites,
bifibs=oblique_bifibs,first_sec_L=oblique_sec1_L,
first_sec_d=1.5,L_sigma=L_sigma,
branch_prob=oblique_branch_prob,L_decrease_factor=ldecf)
#connect axon to soma:
axon_section=axon.get_connecting_section()
self.soma_body=soma.body
soma.connect(axon_section,region_end=1)
#connect apical dendrite to soma:
apical_dendrite_firstsec=main_apical_dendrite.get_connecting_section()
soma.connect(apical_dendrite_firstsec,region_end=0)
#connect oblique dendrites to apical first section:
for dendrite in oblique_dends:
apical_location=math.exp(-5*random.random()) #for now connecting randomly but need to do this on some linspace
apsec=dendrite.get_connecting_section()
apsec.connect(apical_dendrite_firstsec,apical_location,0)
#connect dendrites to soma:
for dend in somatic_dends:
dendsec=dend.get_connecting_section()
soma.connect(dendsec,region_end=random.random()) #for now connecting randomly but need to do this on some linspace
#assign public sections
self.axon_iseg=axon.iseg
self.axon_hill=axon.hill
self.axon_nodes=axon.nodes
self.axon_myelin=axon.myelin
self.axon_sections=[axon.hill]+[axon.iseg]+axon.nodes+axon.myelin
self.soma_sections=[soma.body]
self.apical_dendrites=main_apical_dendrite.all_sections+self.seclist(oblique_dends)
self.somatic_dendrites=self.seclist(somatic_dends)
self.dendrites=self.apical_dendrites+self.somatic_dendrites
self.all_sections=self.axon_sections+[self.soma_sections]+self.dendrites
我要说的是,这种方法没有错——如果你需要15个参数来建模,你需要15个参数。如果没有合适的默认值,则在创建对象时必须传入所有15个参数。否则,您只需设置默认值,然后通过setter或直接更改它。
另一种方法是为某些常见类型的神经元(在您的示例中)创建子类,并为某些值提供良好的默认值,或者从其他参数派生值。
或者您可以将神经元的部分封装在单独的类中,并将这些部分用于您建模的实际神经元。一、 例如,可以编写单独的类来建模突触、轴突、胞体等
您也许可以使用Python“dict”对象? http://docs.python.org/tutorial/datastructures.html#dictionaries
尝试以下方法:
然后,您可以创建这样的
Neuron
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