使用cmd和Python在Cytoscape中打开网络文件

Question

所以我有一个python脚本，可以生成networkx图形并将其导出为.graphml，我希望脚本也能够在加载网络的情况下打开cytoscape，而无需对用户进行任何操作。我明白：

cytoscape.bat -N C:\Somepath\with\a\networkx.graphml

我用的时候效果很好。正如：

^{pr2}$

但是，我似乎无法使os.system或{}正常运行，我当前的配置是：

p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0")
stdout, stderr = p.communicate()

但是抛出一个文件找不到异常。在

我已经阅读了其他的stackoverflow帖子和python文档中关于running.bats和做cmd操作的文章，并且能够让基础知识发挥作用。然而，这似乎有点复杂，我不知道我错在哪里！在

根据要求，例外情况：

找不到文件和不正确的路径异常：

Traceback (most recent call last):
  File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module>
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0
.0\"")
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 267] The directory name is invalid

Traceback (most recent call last):
  File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module>
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0
")
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__
    errread, errwrite)
  File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child
    startupinfo)
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified

一个稍有不同的JVM错误，它由以下代码生成：

os.system("\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0/cytoscape.bat\"")

Error: missing `server' JVM at `C:\Program Files (x86)\Java\jre7\bin\server\jvm.
dll'.
Please install or use the JRE or JDK that contains these missing components.
C:\Program Files\Cytoscape_v3.0.0

Answer 1

来自the documentation：

“如果cwd不是None，则子目录在执行之前将被更改为cwd。注意，搜索可执行文件时不考虑此目录，因此不能指定程序相对于cwd的路径。“

必须将命令的完整路径传递给子流程.Popen. 在