从Python调用外部命令时失败，返回代码0xc000005，但在cons中工作

Question

我有一个在Windows下运行的python3.5脚本，它调用了大量文件的外部问题（确切地说是BLAST+套件中的tblastn）。对于大多数这些文件，它运行得很好，但对于某些文件，它会失败，返回代码0xc000005。如果我使用完全相同的命令行调用，并从控制台在同一个当前工作目录中运行它，它执行得很好。在

我当前使用subprocess.Popen运行命令，如下所示：

childProcess = subprocess.Popen(blast_cmd, stdin=subprocess.PIPE,
                                     stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE,
                                     universal_newlines=True,shell=True)

然后调用subprocess.poll()直到完成。我通过同时运行四个进程来实现这一点，但是如果我一次强制运行一个进程，仍然会发生这种情况。同样的情况发生在os.system、subprocess.run()、subprocess.call()和{}中，无论我将shell设置为True还是{}，都会发生这种情况。在

每次运行代码时，它失败的文件都是相同的，但如果将同一个文件放入不同的文件列表中进行处理，则相同的文件将起作用。更改调用方法有时会更改哪些文件失败，因此使用os.system可能会导致与subprocess.Popen不同的文件失败。因此，似乎并不取决于我在哪个文件上调用tblastn。在

有人知道是什么导致了这种行为吗？在

或者，如果有人知道在创建的进程中运行（文档中说它使用CreateProcess()）与从命令行运行有什么不同，那么至少我有地方可以开始？在

Answer 1

错误代码很可能是“拒绝访问”（虽然windows头文件中有4个代码结构，但访问被拒绝的可能性最大：

# for hex 0xc0000005 / decimal -1073741819
  FILE_LOG_INFORMATION_FAILED                                    iasmsg.h
# Information for the %1 log could not be logged to the text
# file %2 in the path %3. Error code: %0
  STATUS_ACCESS_VIOLATION                                        ntstatus.h
# The instruction at 0x%08lx referenced memory at 0x%08lx.
# The memory could not be %s.
  USBD_STATUS_DEV_NOT_RESPONDING                                 usb.h
# as an HRESULT: Severity: FAILURE (1), FACILITY_NULL (0x0), Code 0x5
# for hex 0x5 / decimal 5
  ERROR_ACCESS_DENIED                                            winerror.h
# Access is denied.

我将首先查看用于运行原始（启动/父）脚本的用户权限/凭据，子进程/子进程从该脚本继承其凭据。。。然后将其与您所描述的“在cmd提示符上运行此命令”时使用的凭据进行比较。在

嗯， 埃德温。在

Answer 2

1. 以编程方式启动的子进程通常会获得其他内存设置（堆大小等），而不是交互启动的进程。所以试着放一些堆/内存检查包装tblastn.exe. 您对“在一个文件上失败，但在另一个文件列表中进行处理”的描述表明，错误与失败的调用本身无关，而是与先前活动导致的某些情况有关。在
2. 输出缓冲在内存中。如果tblastn有很多输出，则使用communicate（）来作废（或使用）子进程的输出。在
3. 调用可执行文件时不需要shell=True，它的目的是执行shell内建。用这个你用一个无谓的命令提示符. 在