从pandas数据帧键创建networkx/plotly网络错误：0

Question

我尝试从pandas数据帧构建一个网络，该数据框有四列，如下所示：

PTDID | PBDID | BTDID | BDDID

PTD000000 | PBD000024 | BTD000264 | BDD000288

PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000289

PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000290

PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000291

PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000292

PTD000000 | PBD000024 | BTD000264 | BDD000293

……等36k行

我试图用我的数据帧重新创建这个示例：https://plot.ly/python/network-graphs/

但是，我收到了一条“KeyError:0”消息。在

我的当前代码：

import pandas as pd
import plotly.plotly as py
from plotly.graph_objs import *
import networkx as nx
import numpy as np


df=pd.read_csv('C:\\Users\\nkurdob\\Documents\\bdh5.csv')

#get node positions

G=nx.from_pandas_dataframe(df, 'BTDID', 'BDDID', ['PTDID', 'PBDID'])
pos=nx.get_node_attributes(G,'pos')


dmin=1
ncenter=0
for n in pos:
    x,y=pos[n]
    d=(x-0.5)**2+(y-0.5)**2
    if d<dmin:
        ncenter=n
        dmin=d

p=nx.single_source_shortest_path_length(G,ncenter)

有人知道如何克服这个错误吗？我想这句话可能把事情搞砸了：

^{pr2}$

但我不知道怎么修。我通过下面的例子得到了这个^： http://networkx.readthedocs.io/en/latest/reference/generated/networkx.convert_matrix.from_pandas_dataframe.html

提前谢谢你！在

纳扎尔

编辑：回溯错误：

runfile（'L:/Data/Global ID/Nazar/巴西第纳尔'，wdir='L:/Data/Global ID/Nazar'） 回溯（最近一次呼叫）：

文件“”，第1行，输入 runfile（'L:/Data/Global ID/Nazar/巴西第纳尔'，wdir='L:/Data/Global ID/Nazar'）

文件“C:\Users\nkurdob\AppData\Local\Continuum\Anaconda2\lib\site packages\spyderlib\widgets\externalshell\网站自定义.py，第714行，在runfile中 execfile（文件名，命名空间）

文件“C:\Users\nkurdob\AppData\Local\Continuum\Anaconda2\lib\site packages\spyderlib\widgets\externalshell\网站自定义.py“，第74行，在execfile中 exec（编译（scripttext，文件名，'exec'），glob，loc）

文件“L:/Data/Global ID/Nazar/巴西第纳尔“，第32行，英寸 p=nx.单源_最短路径长度（G，中心）

文件“C:\Users\nkurdob\AppData\Local\Continuum\Anaconda2\lib\site packages\networkx\algorithms\shortest_paths\未加权.py“，第63行，单源最短路径长度 下一级更新（G[v]）#添加v的邻域

文件“C:\Users\nkurdob\AppData\Local\Continuum\Anaconda2\lib\site packages\networkx\classes\图形.py“，第407行，ingetitem 返回自我调节[牛顿]

键错误：0

Answer 1

看起来您没有将pos定义为节点属性。所以当你做pos = nx.get_node_attributes(G,'pos')时，它会变成一个空的dict。在

因此，循环for n in pos不起任何作用。所以ncenter在循环之后仍然是0。由于您的图没有节点0，所以当您要求它从ncenter查找路径时，您会得到一个键错误。在