如何修复这个程序中的类型错误（列表索引必须是整数，而不是str）？

Question

在我使用的一个程序中，当我试图从dict type数据中挖掘/解析一个值时，我得到了一个TypeError。在

下面是python程序的简短部分：

for c in results:
        print('value of c : ', c, type(c)) # what I added to see the issue with dict data
        for ci, lr in c['chain_info'].iteritems():
            outfile = open(lr.output_file, 'a')
            write = outfile.write

            if lr.number_vcf_lines > 0:
                write(CHAIN_STRING.format(CHAIN_STRING,
                            from_chr=c['chrom'], from_length=lr.chromosome_length,
                            from_start=0, from_end=lr.chromosome_length,
                            to_chr=c['chrom'], to_length=lr.end_length,
                            to_start=0, to_end=lr.sums[0] + lr.last_fragment_size + lr.sums[2], id=c['chrom']))
                write("\n")

完整回溯错误消息

^{pr2}$

文件的github位置：https://github.com/churchill-lab/g2gtools/blob/master/g2gtools/vcf2chain.py

似乎线路有问题：

from_chr=c['chrom'], from_length=lr.chromosome_length,

而且，Chain_string是作者创建的：

CHAIN_STRING = "chain 1000 {from_chr} {from_length} + {from_start} {from_end} " + "{to_chr} {to_length} + {to_start} {to_end} {id}"

我试图打印dict的值（通过添加print语句）来查看问题所在。在

print('value of c : ', c, type(c)) # gave me
('value of c : ', {'chrom': '1', 'stats': OrderedDict([('ACCEPTED', 0)]), 'chain_info': {'right': <g2gtools.vcf2chain.VCFtoChainInfo object at 0x7fe9de396dd0>, 'left': <g2gtools.vcf2chain.VCFtoChainInfo object at 0x7fe9d9252d50>}}, <type 'dict'>)

那么，这里有什么问题？ 这个数据/程序有什么问题？？在

Answer 1

在你的评论中，你说c是一个字符串，那么 from_chr=c['chrom']不起作用，因为不能给字符串一个索引。在

In [3]: c = 'my string'

In [4]: c['chrom']
                                     -
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-a201470ce4c5> in <module>()
  > 1 c['chrom']

TypeError: string indices must be integers

您的错误消息显示list indices must be integers, not str。我想c是一个列表。在这两种情况下，都不能给c一个字符串作为索引。在

Answer 2

问题是，在for循环中，variable c以列表形式返回：

for c in lr.chain_entries:
   write("\t".join(map(str, c)))
   write("\n") 

它在读取另一行时返回c作为列表。我不得不挖掘出c['chrom']，希望它是dict type。但是，这个变量被forloop改变了，引起了所有的麻烦。在