如何利用特定步长的窗口提取短序列？

Question

下面的代码在窗口大小为4的每个序列中提取短序列。如何按步长2移动窗口并提取4个碱基对？在

示例代码

from Bio import SeqIO

with open("testA_out.fasta","w") as f:
        for seq_record in SeqIO.parse("testA.fasta", "fasta"):
            i = 0
            while ((i+4) < len(seq_record.seq)) :
              f.write(">" + str(seq_record.id) + "\n")
              f.write(str(seq_record.seq[i:i+4]) + "\n")
              i += 2

示例输入种皮在

^{pr2}$

测试输出示例

>human1
ACCC
>human1
CCGA
>human1
GATT

这个输出的问题是有一个T遗漏了，所以在这个例子中我希望也包括它。我怎样才能得到这个输出呢？用反向提取的方式，包括从头到尾提取时可能遗漏的碱基对。有人能帮我吗？在

预期输出

>human1
ACCC
>human1
CCGA
>human1
GATT
>human1
ATTT
>human1
CGAT    
>human1
CCCG

Answer 1

对于任何窗口大小和任何步长：

fasta='ACCCGATTT'
windowSize=4
step=1
i=0
while (i+windowSize)<=len(fasta):
    currentWindow=fasta[i:i+windowSize]
    print(currentWindow)
    i+=step

windowSize=4，step=2的输出：

^{pr2}$

windowSize=4，step=1的输出：

ACCC                       
CCCG
CCGA
CGAT
GATT
ATTT

最后一个与“预期输出”完全相同，排序不同。在