使用python计算一个字母在某个位置出现的次数

Question

我是一个python初学者，我遇到过这个问题，我不确定我将如何着手解决它。在

如果我有以下序列/字符串：

关贸总协定

GTACGC公司

如何计算每个字母在每个位置出现的频率。ie）在两个序列中，G在位置1出现两次，A在位置1出现零次，等等

任何帮助都将不胜感激，谢谢！在

Answer 1

您可以使用^{}和^{}的组合，如下所示：

from  collections import defaultdict

sequences = ['GATCCG', 'GTACGC']
d = defaultdict(lambda: defaultdict(int))  # d[char][position] = count
for seq in sequences:
    for i, char in enumerate(seq):  # enum('abc'): [(0,'a'),(1,'b'),(2,'c')]
        d[char][i] += 1

d['C'][3]  # 2
d['C'][4]  # 1
d['C'][5]  # 1

这将构建一个嵌套的defaultdict，它将字符作为第一个键，位置作为第二个键，并提供所述字符在所述位置的出现次数。在

如果需要职位统计列表：

^{pr2}$

Answer 2

不确定这是最好的方法，但您可以使用zip对字符串进行某种转置，在每个位置生成字母的元组，例如：

x = 'GATCCG' 
y = 'GTACGC'

zipped = zip(x,y)

print zipped

将产生：

^{pr2}$

从元组可以看出，两个字符串的第一个位置包含两个Gs，第二个位置包含A和T等，然后可以使用Counter（或其他方法）来获得所需的内容。在