ExpatOdG，从xml获取错误：错误

Question

我发现自己有点被下面的错误搞糊涂了

from future.standard_library import install_aliases
install_aliases()
from urllib.request import urlopen
import xmltodict

oboxml = urlopen('http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0003723&format=oboxml')
obo_dict = oboxml.read()
obo_dict_parse = xmltodict.parse(obo_dict)

返回错误：

ExpatError回溯（最近一次调用） 在里面 6 oboxml=urlopen（'http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0003723&format=oboxml'） 7奥博迪克特=oboxml.read() ---->；8 obo_dict_parse=xmltodict.parse（奥博迪克特）

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/xmltodict.py在解析中（xml_input，encoding，expat，process_namespaces，namespace_separator，disable_entities，**kwargs） 328parser.ParseFile文件（xml_输入） 329其他： --&330吨解析器。解析（xml_输入，真） 331返回处理程序.item 332个

ExpatError:语法错误：行1，列0

正在返回xml文件，因此它不是空的。但我不知道为什么xml解析器会不高兴，尤其是我在看教程笔记本*。我使用的是xmltodict 0.11.0-py36_1，通过anaconda安装和更新。在

有什么建议吗

*以下笔记本：goatools https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-3743-1_16

Answer 1

据我所知：

Quickgo不提供xml格式。它在API中没有作为响应类型列出 https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/api/index.html#!/annotations/downloadLookupUsingGET

我使用Bioservices包及其QuickGo工具尝试了另一种获取方法。这个包似乎已经偏离了它的文档，即曾经：

term = qgo.Term("GO:0000016", frmt="oboxml")

它不再是。术语已替换为术语，它不再接受“frmt=”或“format=”。在

我目前最接近的是：

^{pr2}$

它将返回一个列表。在

需要一个xml文件，以便与goatools包一起使用。我将编辑原来的问题，以澄清这一点，以防其他人遇到同样的问题。在