如何使用MDAnalysis从Amber加载.prmtop和.crd文件？

Question

我试图从Amber加载一个.crd文件，但这失败了，因为它的格式不是MDAnalysis expect（请参阅末尾的错误）：

topology = 'top.prmtop'
trajectory = 'amberOut.crd'
u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)

我看到了这个thread和这个library，如果我可以使用MDAnalysis读取Amber.crd文件，我就不想使用它。在

你知道为什么它不起作用吗？如果我在VMD中加载轨迹，我使用的是这个命令（它起作用了）：

^{pr2}$

---

Traceback (most recent call last):
  File "analysis.py", line 5, in <module>
    u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 305, in __init__
    self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 535, in load_new
    self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/base.py", line 1943, in __init__
    self._read_first_frame()
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/CRD.py", line 73, in _read_first_frame
    natoms = int(fields[0])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '96.380'

Answer 1

在命令中为Universe使用format="TRJ"关键字参数：

u = MDAnalysis.Universe("top.prmtop", "amberOut.crd", format="TRJ")

您说过您在“crdbox”中使用VMD，“crdbox”扩展被MDAnalysis识别为Amber ASCII trajectory。但是，您用于文件的“crd”扩展名已经用于CHARMM坐标文件（“crd”文件），因此您需要显式地指定Universe的轨迹格式。在

（如果你给你的轨迹扩展名“crdbox”或“trj”，比如amberOut.CRD箱“或”安贝罗特.trj然后MDAnalysis会自动将其识别为琥珀色的ASCII轨迹。但是，您始终可以使用显式的format关键字参数覆盖格式检测。）

更新：基于这个问题，我们更新了Amber轨迹阅读器的MDAnalysis文档，以包含how to read Amber "crd" trajectories的注释。在