使用python脚本将fasta文件转换为tab分隔的文件

Question

我是一名学生，目前正在学习如何用python编写脚本。我一直在做以下练习。我必须按以下格式转换fasta文件：

>header 1 
AATCTGTGTGATAT 
ATATA  
AT
>header 2  
AATCCTCT

在这方面：

^{pr2}$

我很难摆脱空白（使用线条条()?) 任何帮助都将不胜感激。。。在

Answer 1

这将基于>字符创建一个新字符串，并将该字符串组合到下一个>。然后它会附加到一个运行列表中。在

# open file and iterate through the lines, composing each single line as we go
out_lines = []
temp_line = ''
with open('path/to/file','r') as fp:
     for line in fp:
         if line.startswith('>'):
             out_lines.append(temp_line)
             temp_line = line.strip() + '\t'
         else:
             temp_line += line.strip()

with open('path/to/new_file', 'w') as fp_out:
    fp_out.write('\n'.join(out_lines))