有没有办法把numba与“nopython=True”和numpy/scipy/sklearn一起使用

Question

我是麻木的新手，但我很兴奋。我试着对nxn矩阵（20964x20964）的每一行运行一个最小二乘算法。在每一行，我必须更新“model_array”，使该行乘以一个外部预测器。在

（为了它的价值，我也测试过sklearn.linear_模型.线性回归，statsmodels.OLS，以及scipy.linalg.lstsq公司，但numpy实现速度最快。）

所以我基本上希望运行“ppi”20964次，每次迭代包括20964次最小二乘拟合。”ppi“在对象模式下工作得很好（使用“@jit”），但每次迭代需要2.2秒。鉴于“dim_vox”=20964，我希望提高速度。下面是我希望在每行运行的内部循环：

@jit
def fit_ex(modarr, yseries):
    return np.linalg.lstsq(modarr, yseries)[0][2]

@njit
def ppi(timeseries, nvox, modarr, a):
    for j in range(nvox):
        yt = timeseries[j, :]
        a[j] = fit_ex(modarr, yt)

ts = np.loadtxt(ts_name)
dim_vox, dim_ts = ts.shape
a = np.zeros(dim_vox, dtype=np.float64)

“model_array”是一个n x m numpy数组。 然后运行这个

^{pr2}$

给出以下错误：

TypingError: Failed at nopython (nopython frontend)
Internal error at <numba.typeinfer.CallConstrain object at 0x117f65290>:

File "<ipython-input-407-de1b4104525d>", line 6

我使用的是numba0.18.2，python2.7.9。如果我掩饰了一些显而易见的事情，我很抱歉。在