无法在python中使用.strip（）来剥离字符

Question

我是一个生物学家，需要做一个快速的脚本来处理一些文件。在

文件格式为fasta：

>line1
ACCGAGCTACTAGXXXXX
>line2
ACGTAX

等等。在

我想删除所有的X字符，然后快速将此脚本放在一起：

^{pr2}$

它不起作用，我不知道为什么。有什么帮助吗？在

抱歉，代码太糟糕了。在

Answer 1

可以使用regex执行此操作：

import re
pattern = re.compile("(\w[^X]+)")  # This groups everything but X
stripped = pattern.match(line).group()

对于您的情况，您可以在代码的“else”部分执行类似的操作，并将“（\w[^X]+）”中的“X”替换为“char”变量：

^{pr2}$

Answer 2

使用line.replace(char,'')代替line.strip(char) Strip函数只从https://docs.python.org/2/library/string.html#string.strip侧面删除字符

Answer 3

其他答案指明了更好的选择。但在您的例子中，[Python 3.Docs]: Built-in Types - str.strip([chars])不起作用，因为文件中的每一行都以EOLN结束符结束，所以X实际上并不在字符串的末尾。在

需要最少更改代码的选项是从以下位置修改3^rd行：

char = raw_input('Which sequence should be stripped?:')

收件人：

^{pr2}$

当心：行fasta_file.strip('.fasta')可能没有您认为的那样。在这里，建议使用：

fasta_file.replace('.fasta', '_stripped.fasta')

编辑0：

我认为在写入输出文件时，您需要将EOLN添加回，因此您还需要替换以下行：

OutPut = line.strip(char)

签署人：

OutPut = line.strip(char) + "\n"