现在scipy.misc.comb
确实比即席实现快吗?
根据一个古老的答案Statistics: combinations in Python,在计算组合nCr
时,这个自制函数比scipy.misc.comb
快:
def choose(n, k):
"""
A fast way to calculate binomial coefficients by Andrew Dalke (contrib).
"""
if 0 <= k <= n:
ntok = 1
ktok = 1
for t in xrange(1, min(k, n - k) + 1):
ntok *= n
ktok *= t
n -= 1
return ntok // ktok
else:
return 0
但在我自己的机器上运行了一些测试之后,使用以下脚本,情况似乎并非如此:
^{pr2}$我得到以下输出:
$ python test.py
/usr/lib/python2.7/dist-packages/scipy/misc/common.py:295: RuntimeWarning: overflow encountered in exp
vals = exp(lgam(N+1) - lgam(N-k+1) - lgam(k+1))
999
test_func function took 32.869 ms
999
test_func function took 1859.125 ms
$ python test.py
/usr/lib/python2.7/dist-packages/scipy/misc/common.py:295: RuntimeWarning: overflow encountered in exp
vals = exp(lgam(N+1) - lgam(N-k+1) - lgam(k+1))
999
test_func function took 32.265 ms
999
test_func function took 1878.550 ms
时间分析测试是否显示新的scipy.misc.comb
比特殊的choose()
函数快吗?我的测试脚本中是否存在导致计时不准确的错误?在
为什么现在scipy.misc.comb
更快?是因为一些cython
/c
包装技巧?
@WarrenWeckesser评论后:
使用scipy.misc.comb()
时使用默认的浮点近似,计算会因浮点溢出而中断。在
(有关文档,请参阅http://docs.scipy.org/doc/scipy-0.16.0/reference/generated/scipy.misc.comb.html)
当使用exact=True
进行测试时,它使用长整数而不是使用下面的函数计算浮点,在计算1000个组合时要慢得多:
@timing
def test_func(combination_func, nk):
for i, (n,k) in enumerate(nk):
combination_func(n, k, exact=True)
[出来]:
$ python test.py
test_func function took 3312.211 ms
test_func function took 1764.523 ms
$ python test.py
test_func function took 3320.198 ms
test_func function took 1782.280 ms
参考scipy.misc.comb的源代码,结果的更新例程是:
而您建议的更新程序是:
^{pr2}$我对SciPy实现速度较慢的原因的猜测是,子例程在每次迭代中都涉及整数除法,而您的子程序在return语句中只调用一次除法。在
相关问题 更多 >
编程相关推荐