读取lin文件行时，名称未定义错误python

Question

因此，我对python非常陌生，我不确定我的代码是否最有效，但如果有人能向我解释为什么我的脚本在运行时返回“name not defined”错误，我将不胜感激。我在一个单独的文件中有一个300个基因名的列表，每行一个名字，我想读取，并将每一行存储为一个字符串变量。在

在这个脚本中，我有一个600个变量的列表。300个变量中的每个名称都有300个标记为name_bitscore和300个标记为name_length的变量。 我想根据条件筛选列表。我的脚本如下：

#!/usr/bin/python
with open("seqnames-test1-iso-legal-temp.txt") as f:
    for line in f:
        exec("b="+line+"_bitscore")
        exec("l="+line+"_length")
        if 0.5*b <= 2*1.05*l and 0.5*b >= 2*0.95*l:
            print line
ham_pb_length=2973
ham_pb_bitscore=2165
g2225_ph_length=3303
cg2225_ph_bitscore=2278

对于长度和位分数变量。在

基本上，我在这里要做的是读取文件“seqnames-test1-iso-legal”的第1行-温度文本“那是火腿。然后我使用want to use exec函数创建一个变量b=ham_pb_bitscore和l=ham_pb_长度，这样我就可以测试基因的位分数的一半是否在其长度的两倍范围内，误差为5%。然后，对每个基因重复这个步骤，即文件“seqnames-test1-sio-legal”的每一行-温度文本". 在

执行脚本时，会收到错误消息：

^{pr2}$

我做了另一个简短的脚本，以确保我正确地使用exec函数，如下所示：

#!/usr/pin/python
name="string"
string_value=4
exec("b="+name+"_value")
print(name)
print(b)

这个返回：

string
4

所以，我知道我可以使用exec在变量声明中包含一个字符串变量，因为b按预期返回4。所以，我不知道为什么我的第一个脚本出错了。在

我测试以确保变量行是一个字符串，方法是输入

#!/usr/bin/python
    with open("seqnames-test1-iso-legal-temp.txt") as f:
        for line in f:
            print type(line)

它返回了线路

<type 'str'>

300次，所以我知道每个变量行都是一个字符串，这就是为什么我不明白为什么我的测试脚本起作用了，但这一个没有。在

任何帮助都将不胜感激！在

Answer 1

line由文本文件迭代器生成，它为读取的每一行发出一个新行。在

所以你的表情：

exec("b="+line+"_bitscore")

传递给exec作为：

^{pr2}$

去掉输出就行了

exec("b="+line.rstrip()+"_bitscore")

前提是将以下行移到循环之前，以便声明变量：

ham_pb_length=2973
ham_pb_bitscore=2165
g2225_ph_length=3303
cg2225_ph_bitscore=2278

更好的方法：停止使用exec，使用字典来避免动态定义变量。在

Answer 2

将#!/usr/bin/env python作为第一行。请参阅this问题以获得更多解释。在

正如Jean所指出的，exec不是这项工作的合适工具。你应该使用字典，因为它们不那么危险（搜索代码注入），而且字典更容易阅读。下面是一个如何使用python文档中的字典的示例：

>>> tel = {'jack': 4098, 'sape': 4139}
>>> tel['guido'] = 4127
>>> tel
{'sape': 4139, 'guido': 4127, 'jack': 4098}
>>> tel['jack']
4098
>>> del tel['sape']
>>> tel['irv'] = 4127
>>> tel
{'guido': 4127, 'irv': 4127, 'jack': 4098}
>>> list(tel.keys())
['irv', 'guido', 'jack']
>>> sorted(tel.keys())
['guido', 'irv', 'jack']
>>> 'guido' in tel
True
>>> 'jack' not in tel
False

我可以想出一种方法来实现你的目标：

^{pr2}$

这里我利用了一些有用的python特性。在python3中，5/7的计算结果是0.7142857142857143，而不是许多编程语言中典型的0。如果您想在python3中使用整数除法，请使用5//7。此外，在python中，1<2<3的计算结果是True，而{}的计算结果是{}，而在许多编程语言中，1<2<3的计算结果为{}，这可能会根据编程语言给出错误或结果为{}。在