如何在Python中循环浏览3D NIFTI图像

Question

在我正在做的一个项目中，我想写一个脚本来计算核磁共振图像的总脑容量，格式为nifti（.nii扩展名）。我不知道该怎么做的是循环遍历所有单独的体素并提取其中的整数数据。有人知道怎么做吗？在

这是我用来在Python中加载特定nifti映像的代码：

import nibabel as nib
import numpy as np
import os

path = '/Users/arnavlohe/Desktop/ADNI_002_S_0782_MR_MP-RAGE_REPEAT_br_raw_20060814234209235_1_S17836_I20520_be_be_mixeltype.nii'
img = nib.load(path)
print(img)

这是结果输出/图像数据：

^{pr2}$

这是我能提供的所有信息，我很抱歉我的问题没有更具体。在

Answer 1

您可以组合^{}以NumPy数组的形式检索图像数据：

img = nib.load(path)
data = img.get_fdata()

和NumPy indexing访问体素，例如：

^{pr2}$

最后请注意，您可以在Neurostars上提出这样的问题。在