基于Matlab或Python的fMRI脑图像配准

Question

所以，我用SPM在同一个病人之间注册功能磁共振成像的大脑图像；但是，我在病人之间注册图像有困难。在

基本上，我想注册一个大脑图谱到一个病人特定的扫描，这样我可以做一些图像修补。所以注册，然后将扭曲和变换应用于任意数量的图像。在

SPM在这样的注册中没有成功。它不能扭曲地图册，使其与病人的大脑形状相同。在

像freesurfer这样的软件对这个有用吗？？或者在matlab或python（最好是python）中有更好的东西吗？？在

谢谢！在

泰勒·海米勒

Answer 1

有很多用于图像注册的工具，例如，在“空间变换”—>；“注册”下查看http://www.nitrc.org。Nipype确实是一个很好的Python模块，它封装了许多这样的模块（例如FSL、Freesurfer等等），因此您可以在某种程度上统一的界面中探索不同的可用工具。在

除了那些广为人知的（SPM，FSL，AFNI），你也可以尝试一些不太知名但非常强大的CMTK(http://www.nitrc.org/projects/cmtk)它具有非线性注册、基于群体的模板构造、许多其他特性和SRI24图谱。像asegment_sri24这样的脚本可以用于快速入门，使用sri24图集中提供的标签注册/重新选择每个主题。在

要想在几分钟内开始使用CMTK（或其他几十种神经成像软件），我建议您看看http://neuro.debian.net——这个平台允许非常容易地部署（维护的）神经科学软件。FSL、AFNI、CMTK、SRI24地图集等可根据您的要求提供；）

Answer 2

自由曲面分割和注释病人的大脑，产生病人特定的区域，比如so。在

我不知道你所说的修补是什么意思，也不知道你想把这种转换应用到其他什么图像上，但它似乎是最适合处理单个患者数据的软件，而不是跨患者的标准化数据。在

Answer 3

我认为ITK是为这种目的而做的。一个Python包装器存在（Paul Novotny在他的站点上为Ubuntu分配二进制文件），但这主要是C++。如果您在Linux下工作，那么如果您熟悉cmake，那么编译非常简单。在

由于这个工具箱是一个非常低级的框架，我可以建议您尝试elastix，这是一个命令行实用程序，允许使用多尺度Bspline密集注册对图片进行注册。在

另一个基于Maxwell demons的有趣工具是MedINIRA。在