在模块加载中使用python子进程

Question

我目前正在unix环境中使用python2.7。 我需要在python脚本中运行R脚本，但我无法使其正常工作，因为我的R模块需要在加载之前加载（使用“moduleload”）

下面是我的python脚本：

import os
import subprocess as sp

os.system('module load R/3.2.3')
out = sp.check_output(['Rscript','test.R'], universal_newlines=True)

我一直有同样的错误：“[Errno 2]没有这样的文件或目录”

有什么想法吗？ 我看了here和{a2}，但没法让它工作。在

谢谢你的帮助！在

Answer 1

所以“moduleload”实际上是在调用shell中设置一些环境变量。所以当你这样做的时候：

os.system('module load R/3.2.3')

Python创建一个进程，在其中运行/bin/sh，并将该命令传递给shell。模块环境变量在该shell中设置。那就退出吧！在

环境变量不能也不能传播回Python进程。所以当你这样做的时候：

^{pr2}$

你以前跑过module load完全不相干。在

你怎么能解决这个问题？一种可能是显式地指定Rscript的路径：

sp.check_output(['/your/full/path/to/Rscript','test.R'])

另一种方法是组合命令：

sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

最后，您可以在运行Python脚本之前先运行module load。它设置的环境变量可以一直传播到Python中的R调用。在

顺便说一下，可以直接从Python调用R:http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-dev/html/introduction.html

Answer 2

它与以下各项完美结合：

    sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

谢谢你的回答！在