Biopython错误系统找不到指定的文件

Question

我遇到了一个我无法解决的错误。在

我正在尝试执行一组最简单的命令来执行tBLASTn算法， 查找序列（序列指定为“皮塔尼。法斯塔数据库中的“文件”（也指定为“文件”->；黄瓜。法斯塔). 结果将保存在“怀尼克.txt“文件。在

代码如下所示：

from Bio.Blast. Applications import NcbitblastnCommandline
database = r"\Biopython\cucumber.fasta"
qr = r"\Biopython\pytanie.fasta"
output = r"\Biopython\wynik.txt"
e = raw_input("Enter e-value: ")
tblastn_cline = NcbitblastnCommandline(cmd='blastn', db=database, query=qr, out=output, evalue=e, outfmt=7)

print tblastn_cline

stdout, stderr = tblastn_cline()

我得到的错误是：

^{pr2}$

我正在使用：

• Eclipse SDK版本：3.7.1
• Python 2.7版
• 操作系统：64位Windows 7

我也在32位的WindowsXP上尝试过，但它会产生同样的错误。 Biopython包应该可以正常工作，因为它通过了Bioython网站建议的测试。我也尝试过文件所在路径的其他格式，但没用。我的朋友在Ubuntu上使用了相同的代码，它运行得很好。在

有人知道如何修正这个错误吗？在

Answer 1

文件的路径是什么？在

例如，路径r"\Biopython\cucumber.fasta"是当前驱动器上的绝对路径（因为它以反斜杠开头，没有驱动器号），我认为在您的例子中是r"C:\Biopython\cucumber.fasta"。对吗？在