我正在尝试创建一个应用程序来查看和分析DICOM切片。我在MATLAB中做过这个应用程序,但是MATLAB没有足够的工具来构建一个非常好的GUI,而且3D图片也很糟糕。所以,我试着用ITK和VTK在Xcode中构建一个应用程序很长一段时间,但是没有成功。有一天我发现xcodeproject PythonDicomDocument——这个项目(用python编写)可以读取并显示DICOM图像!我读过一篇关于python和cocoa的教程,但是我仍然不明白这个项目是如何工作的——它有filePythonDicomDocumentDocument.py:
from Foundation import *
from AppKit import *
from iiDicom import *
import objc
import dicom
import numpy
import Image
class PythonDicomDocumentDocument(NSDocument):
imageView = objc.IBOutlet('imageView')
def init(self):
self = super(PythonDicomDocumentDocument, self).init()
self.image = None
return self
def windowNibName(self):
return u"PythonDicomDocumentDocument"
def windowControllerDidLoadNib_(self, aController):
super(PythonDicomDocumentDocument, self).windowControllerDidLoadNib_(aController)
if self.image:
self.imageView.setImageScaling_(NSScaleToFit)
self.imageView.setImage_(self.image)
def dataOfType_error_(self, typeName, outError):
return None
def readFromData_ofType_error_(self, data, typeName, outError):
return NO
def readFromURL_ofType_error_(self, absoluteURL, typeName, outError):
if absoluteURL.isFileURL():
slice = iiDcmSlice.alloc().initWithDicomFileSlice_(absoluteURL.path())
dicomImage = slice.sliceAsNSImage_context_(True, None)
if dicomImage:
self.image = dicomImage
#self.image = dicomImage
return True, None
return False, None
和文件main.m:
^{pr2}$}
所以我想“翻译”MATLAB代码以便阅读。dcm:
directory = uigetdir; % after this command Finder window will appear and user will choose a folder with .dcm files
fileFolder = directory; % the path to the folder is saved to a variable fileFolder
dirOutput = dir(fullfile(fileFolder,'*.dcm')); % choose files .dcm in specified folder %and save their names
fileNames = {dirOutput.name}';
Names = char(fileNames);
numFrames = numel(fileNames); % count the number of files in the folder
for i = 1:numFrames
Volume(:,:,i) = dicomread(fullfile(fileFolder,Names(i,:))); % create a 3D array of %DICOM pixel data
end;
有谁能告诉我如何使用python运行相同的代码来读取Xcode中的.dcm文件???在
我听说python和MATLAB很相似。在
恭喜您选择Python来使用DICOM;在我的经验中,SciPy/numpy/matplotlib族在处理海量数据方面比MATLAB(或至少gnuoctave)要好得多。在
使用GDCM的python绑定、GDCM示例中的ConvertNumpy.py和matplotlib加载和显示代码:
请注意,如果DICOM数据包含的“padding”值明显超出了图像的air-bone范围,则可能会混淆imshow的自动缩放;使用vmax、vmin参数来指定您实际想要查看的范围,或者实现您自己的窗口调平代码(这在numpy中是微不足道的)。在
您可能想看看OsiriX source code,它是一个用Cocoa编写的开源DICOM查看器。在
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