Python SciPy需要BLAS吗？

Question

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError: 
    Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.
    Directories to search for the libraries can be specified in the
    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting
    the BLAS environment variable.

我需要从这个网站下载哪个tar？

我已经尝试过fortrans，但是我一直得到这个错误（显然是在设置了环境变量之后）。

Answer 1

如果您需要使用最新版本的SciPy而不是打包版本，而不必经历构建BLAS和LAPACK的麻烦，您可以遵循以下过程。

从存储库安装线性代数库（对于Ubuntu）

sudo apt-get install gfortran libopenblas-dev liblapack-dev

然后安装SciPy（在下载SciPy源代码之后）：python setup.py install或

pip install scipy

视情况而定。

Answer 2

在Fedora上，这个有效：

 yum install lapack lapack-devel blas blas-devel
 pip install numpy
 pip install scipy

请记住，除了“blas”和“lapack”之外，还要安装“lapack-devel”和“blas-devel”，否则会出现您提到的错误或“numpy.distutils.system_info.LapackNotFoundError”错误。

Answer 3

用来提供构建和安装指令的SciPy webpage，但是那里的指令现在依赖于OS二进制发行版。要在没有所需库的预编译包的操作系统上生成SciPy（和NumPy），必须生成并静态链接到Fortran库BLAS和LAPACK：

mkdir -p ~/src/
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz
tar xzf blas.tgz
cd BLAS-*

## NOTE: The selected Fortran compiler must be consistent for BLAS, LAPACK, NumPy, and SciPy.
## For GNU compiler on 32-bit systems:
#g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f                     # with g77
#gfortran -O2 -std=legacy -fno-second-underscore -c *.f    # with gfortran
## OR for GNU compiler on 64-bit systems:
#g77 -O3 -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f                     # with g77
gfortran -O3 -std=legacy -m64 -fno-second-underscore -fPIC -c *.f    # with gfortran
## OR for Intel compiler:
#ifort -FI -w90 -w95 -cm -O3 -unroll -c *.f

# Continue below irrespective of compiler:
ar r libfblas.a *.o
ranlib libfblas.a
rm -rf *.o
export BLAS=~/src/BLAS-*/libfblas.a

只执行五个g77/gfortran/ifort命令中的一个。我已经把所有的都注释掉了，但是我用的是格弗特兰。后续的LAPACK安装需要一个Fortran 90编译器，由于两个安装都应该使用同一个Fortran编译器，因此g77不应该用于BLAS。

接下来，你需要安装LAPACK的东西。SciPy网页的说明也帮助了我，但我不得不修改它们以适应我的环境：

mkdir -p ~/src
cd ~/src/
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack.tgz
tar xzf lapack.tgz
cd lapack-*/
cp INSTALL/make.inc.gfortran make.inc          # On Linux with lapack-3.2.1 or newer
make lapacklib
make clean
export LAPACK=~/src/lapack-*/liblapack.a

2015年9月3日更新： 今天验证了一些评论（感谢所有人）：在运行make lapacklib之前，编辑make.inc文件并将-fPIC选项添加到OPTS和NOOPT设置中。如果您使用的是64位体系结构，或者希望编译为64位体系结构，也可以添加-m64。在编译BLAS和LAPACK时，必须将这些选项设置为相同的值。如果您忘记了-fPIC，SciPy实际上会给您一个关于缺少符号的错误，并建议使用此开关。make.inc的特定部分在我的设置中如下所示：

FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -O2 -frecursive -fPIC -m64
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive -fPIC -m64
LOADER   = gfortran

在旧计算机（如Redhat5）上，gfortran可能安装在旧版本（如4.1.2）中，并且不理解选项-frecursive。在这种情况下，只需从make.inc文件中删除它。

Makefile的lapack测试目标在我的设置中失败，因为它找不到blas库。如果彻底，可以将blas库临时移动到指定位置以测试lapack。我是个懒惰的人，所以我相信开发人员会让它工作，并且只在SciPy中进行验证。