擅长:python、mysql、java
<p>最近,当我试图在蛋白质数据库上使用qblast时,我收到了完全相同的错误消息。在</p>
<p>解决方法:</p>
<p>我去了biopythongithub,得到了qblast模块的源代码。在</p>
<p><a href="https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Blast/NCBIWWW.py" rel="nofollow noreferrer">https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Blast/NCBIWWW.py</a></p>
<p>我在一个文本编辑器中打开它,并在末尾添加了一个简单的脚本</p>
<pre><code>fasta_string = open("test500.fasta").read()
result_handle = qblast(
"blastp",
"swissprot",
fasta_string,
)
save_file = open("out.xml", "w")
save_file.write(result_handle.read())
save_file.close()
result_handle.close()
</code></pre>
<p>然后我运行了整个程序,得到了我之前得到的结果。请注意,您不再需要import语句了。事实上,如果你有他们就没用了。您现在正在脚本中定义函数。在</p>
<p>我不知道为什么现在这是一个问题,但NCBI最近确实做了一些格式更改,所以它可能与此有关。任何澄清将不胜感激,因为我知道这是一个脚本孩子的工作,而不是一个解决方案。在</p>