将命名元组的值从字符串转换为整数

Question

我正在创建一个脚本，将csv文件从列标题读入一组命名元组。然后，我将使用这些namedtuples来提取满足特定条件的数据行。在

我已经计算出了输入（如下所示），但是在将数据输出到另一个文件之前，我遇到了过滤数据的问题。在

import csv
from collections import namedtuple

with open('test_data.csv') as f:
    f_csv = csv.reader(f) #read using csv.reader()
    Base = namedtuple('Base', next(f_csv)) #create namedtuple keys from header row
    for r in f_csv: #for each row in the file
        row = Base(*r) 
        # Process row
        print(row) #print data

我的输入文件的内容如下：

^{pr2}$

它们从我的代码中打印如下：

Base(Locus='chr1:6484996', Total_Depth='1030', Average_Depth_sample='1030', Depth_for_17='1030') Base(Locus='chr1:6484997', Total_Depth='14', Average_Depth_sample='14', Depth_for_17='14') Base(Locus='chr1:6484998', Total_Depth='0', Average_Depth_sample='0', Depth_for_17='0')

我只想提取总深度大于15的记录。在

直觉上我尝试了以下功能：

if Base.Total_Depth >= 15 :
    print row

但是，这只打印最后一行数据（来自上面的输出表）。我认为问题是双重的。据我所知，我不会将我的命名元组存储在任何地方供以后引用。其次，数字是以字符串格式而不是整数来读取的。在

首先，如果我需要把我的名字对存储在某个地方，有人能纠正我吗。在

第二，如何将字符串值转换为整数？或者这是不可能的，因为namedtuples是不可变的。在

谢谢！在

我previously asked a similar question与字典有关，但现在想改用namedtuples。：）

Answer 1

创建命名元组实例时，将值映射到int：

row = Base(r[0], *map(int, r[1:])) 

这将保留r[0]值作为字符串，并将其余值映射到int()。在

这需要CSV列的知识，因为哪些列可以转换为整数在这里是硬编码的。在

演示：

^{pr2}$

请注意，您应该针对行而不是Base类进行测试：

if row.Total_Depth >= 15:

在循环中，或在收集的行的新循环中。在