多文件stdin使用subprocess.callPython（蝴蝶结）

Question

我在使用subprocess.call脚本的python运算符。 我必须多次运行管道程序（bowtie），然后以不同的方式使用输出。为此，我使用subprocess.call. 在

问题是bowtie接受输入2文件，一个索引和一个文本文件，我不能将它们都赋给stdin参数。在

我也尝试在args中包含指向索引的路径，但当然，bowtie不将其识别为索引，并给我一个错误。既然这个指标总是一样的，有没有办法避免这个问题呢？在

以下是我正在编写的部分代码（非常原始）：

inpath  = "/media/2tbhd/workdata/nanocage_noadapt/zf/fasta/zf_ad_c_r2.fasta"
ind_path = "indexes/zf_gen_topl"
for elem in plist:
        cmd = subprocess.call(["bowtie","-f","-v 3", "--best" "--suppress 6,7" "-p 6"], shell = True, stdin = inpath, ind_path)

Answer 1

我对bowtie一无所知，但我觉得你的电话应该是这样的：

cmd = subprocess.call(['bowtie','-f',inpath,'-v','3', ' best',' suppress','6,7','-p','6',ind_path])

通常，将参数列表传递给子进程，就像在命令行中那样。如果知道命令行是什么样子的，就可以使用奇妙的shlex模块来拆分命令。e、 g.：

^{pr2}$

Answer 2

如果您的输入文件实际上是一个文件（在您的示例中是这样的），而不是来自其他进程的管道数据，我认为您不应该在subprocess.call完全发挥作用！
据我所知，不能通过STDIN向普通命令行bowtie提供索引-它必须是一个文件。所以这肯定需要一个正常的论点，而不是来自STDIN。在

这是我通常从脚本调用bowtie的方式（输入文件和索引都是文件，不使用STDIN）：

subprocess.call(["bowtie %s %s %s %s"(full_options,indexname,infile,outfile)], 
                shell=True)

其中full_options类似于'-f -m1 -v1 best tryhard -S sam-nosq'，而{}则类似于{}（这是一组索引文件名的基名，格式为Chlre4nm_case\unew_m.*.ebwt，位于shell环境变量$BOWTIE_INDEXES给出的目录中，这是bowtie检测其索引文件的方式）。在

我知道我可能在用subprocess.call很糟糕，应该把我的命令/options/args拆分成一个列表，就像在另一个答案中一样-这是旧代码，但它确实有效。在