无法导入rPython包

Question

我在mac OS上安装了umap-learn，并尝试使用rPython在r markdown文件中使用它，方法如下：

http://blog.schochastics.net/post/using-umap-in-r-with-rpython/#fn1

但当我运行以下代码时：

```{r}
umap <- function(x,n_neighbors=10,min_dist=0.1,metric="euclidean"){
  x <- as.matrix(x)
  colnames(x) <- NULL
  rPython::python.exec( c( "def umap(data,n,mdist,metric):",
              "\timport umap" ,
              "\timport numpy",
              "\tembedding = umap.UMAP(n_neighbors=n,min_dist=mdist,metric=metric).fit_transform(data)",
              "\tres = embedding.tolist()",
              "\treturn res"))

  res <- rPython::python.call( "umap", x,n_neighbors,min_dist,metric)
  do.call("rbind",res)
}

data(iris)
res <- umap(iris[,1:4])
```

我得到了一个错误：

Error in python.exec(python.command) : No module named umap

所以，显然Rstudio没有看到{}。我检查了包是否由conda list安装：

^{pr2}$

我怎么能修好呢？在

Update

python的版本是错误的，所以我添加了.Rprofile并使其指向正确的版本，但是错误仍然存在。在

system("python --version")
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

Update

更详细的错误（堆栈跟踪）：

 Error in python.exec(python.command) : No module named umap
 4.stop(ret$error.desc)
 3.python.exec(python.command)
 2.rPython::python.call("umap", x, n_neighbors, min_dist, metric)
 1.umap(iris[, 1:4])

Answer 1

您需要确保umap可用于R中使用的同一个Python，默认情况下这不是Anaconda的安装。在

您可以使用system("python version")来检查您的Python，如果需要，可以在cmd行执行pip install umap或{}等操作（使用当前可用的Python；或者，switch您的PythonPython的Python路径）。在