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短核苷酸序列的生物ython-blast参数
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<p>我正试图用NCBIWWW.biopython运行blastn。<br/> 我正在对给定的示例文件使用qblast函数。<br/> 我定义了一些方法,当我的fasta包含足够长的序列时,一切都像一个符咒。唯一失败的情况是当我需要爆炸来自Illumina测序的读数太短时。所以我想说这可能是因为在提交工作时没有自动重新定义爆破参数。在</p> <p>我尽我所能接近爆炸短条件(见表C2从<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/" rel="nofollow">here</a>)没有任何成功。在</p> <p>看来我不能输入正确的参数。在</p> <p>我想我越接近工作的情况是:</p> <pre><code>result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nr", fastaSequence, word_size=7, gapcosts='5 2', nucl_reward=1, nucl_penalty='-3', expect=1000) </code></pre> <p>谢谢你给我的建议。在</p> <p>我的fasta read示例如下:</p> ^{pr2}$ <p>我得到的错误是:</p> <pre><code>>ValueError: Error message from NCBI: Message ID#24 Error: Failed to read the Blast query: Protein FASTA provided for nucleotide sequence </code></pre> <p>当我看一下<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/new/node98.html" rel="nofollow">this page</a>时,我的问题似乎是关于如何确定阈值,但显然,到目前为止,我并没有设法使它起作用。在</p> <p>谢谢你的帮助。在</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>此代码适用于我(Biopython 1.64):</p> ^{1}$ <p>也许你通过了一个错误的快速顺序。Biopython没有从SeqRecords(或任何东西)到普通FASTA的任何转换。您必须提供如上所示的查询。在</p> <p>Blast确定序列是核苷酸还是蛋白质,读取前几个字符。如果它们在“ACGT”中高于阈值,那就是核苷酸,否则就是蛋白质。因此,你的序列处于100%的“ACGT”阈值,不可能被解释为蛋白质。在</p>
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