从MPY中提取TIFF和Nutile数组

Question

我的总体目标是从输入mirax（.mrxs）幻灯片图像裁剪几个区域到JPEG输出文件。在

以下是其中一张图片的样子：

请注意，深灰色区域是图像的一部分，我最终希望以JPEG格式提取的区域是3个黑色正方形区域。在

现在，具体细节：

我可以在命令行上使用vips将mirax图像中的颜色通道提取到3个独立的TIFF文件中：

vips extract_band INPUT.mrxs OUTPUT.tiff[tile,compression=jpeg] C --n 1

其中C对应于通道号（0-2），每个输出文件的大小约为250MB。在

下一个任务是以某种方式识别并从图像中提取感兴趣的区域，因此我转向了几个python图像库，这就是我遇到困难的地方。在

当我尝试使用OpenCV加载任何TIFF时，请使用：

^{pr2}$

我得到一个错误error: (-211) The total matrix size does not fit to "size_t" type in function setSize

我试着用枕头增加一点牵引力，方法是：

from PIL import Image
tiff = Image.open('/home/user/input_img.tiff')
print len(tiff.tile)
print tiff.tile[0]
print tiff.info

哪些输出：

636633
('jpeg', (0, 0, 128, 128), 8, ('L', ''))
{'compression': 'jpeg', 'dpi': (25.4, 25.4)}

但是，除了加载映像之外，我似乎无法执行任何有用的操作；例如，执行tiff.tostring()会导致MemoryError（我这样做是为了将PIL对象转换为numpy数组），如果存在tiles，我甚至不确定该操作是否有效。在

据我有限的理解，这些tiff以JPEG压缩格式将图像数据存储在“tiles”（上面的图像包含636633）中。在

但是，我不清楚如何提取这些图像块作为常规JPEG图像使用，甚至不清楚我所概述的上述过程中的步骤序列是否是实现从mirax图像中提取roi的总体目标的潜在有用方法。在

如果我在正确的轨道上，那么一些指导将是值得赞赏的，或者，如果有另一种方法来实现我的目标，使用vips/openslide而不使用python，我会有兴趣听到一些想法。另外，关于如何处理或理解我所描述的TIFF文件的更多信息也会很有帮助。在

理想情况包括：

1）VIP/openslide中的某种自动裁剪功能，可以从TIFF或原始mirax图像生成JPEG，如下命令所示，但不生成成千上万的图像：

vips dzsave CMU-1.mrxs[autocrop] pyramid

2）能够从TIFF中提取分片并将与图像区域对应的数据存储为numpy数组，以便使用OpenCV或其他方法检测3个ROI。在

Answer 1

我会用the vips Python binding，它很像PIL，但是可以处理这些巨大的图像。尝试类似于：

from gi.repository import Vips

slide = Vips.Image.new_from_file(sys.argv[1])
tile = slide.extract_area(left, top, width, height)
tile.write_to_file(sys.argv[2])

当然，也可以在命令行上提取区域：

^{pr2}$

不过这比Python中的循环要慢一点。您可以使用crop作为extract_area的同义词。在

openslide将大量元数据附加到图像中，描述各种子图像的布局和位置。尝试：

$ vipsheader -a myslide.mrxs 

看看输出结果。你也许可以计算出你的子图像的位置。我也会在openslide邮件列表上问一下，他们非常专业，非常有帮助。在

还有一件事你可以尝试：得到一个低分辨率的概述，角落检测，然后从高分辨率图像提取瓷砖。要获取幻灯片的低分辨率版本，请尝试：

$ vips copy myslide.mrxs[level=7] overview.tif

级别7的采样率降低了2**7，所以是128x