如何用lxm迭代GraphML文件

Question

我有下面的图形文件'我的图形.gml'我想用一个简单的python脚本解析：

这表示一个简单的图，其中有两个节点“node0”、“node1”以及它们之间的一条边

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns"
         xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
         xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns
         http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.0/graphml.xsd">
  <key id="name" for="node" attr.name="name" attr.type="string"/>
  <key id="weight" for="edge" attr.name="weight" attr.type="double"/>
  <graph id="G" edgedefault="directed">
    <node id="n0">
      <data key="name">node1</data>
    </node>
    <node id="n1">
      <data key="name">node2</data>
    </node>
<edge source="n1" target="n0">
  <data key="weight">1</data>
</edge>
  </graph>
</graphml>

这表示一个有两个节点n0和n1的图，它们之间有一个权重为1的边。 我想用python解析这个结构。在

我在lxml的帮助下编写了一个脚本（我需要使用它，因为数据集比这个简单的例子要大得多，超过10^5个节点，python minidom太慢了）

^{pr2}$

这个脚本正确地获取了节点和边，所以我可以简单地迭代它们

for n in nodes:
    print n.attrib

或类似的边缘：

for e in edges:
    print (e.attrib['source'], e.attrib['target'])

但我真的不明白如何获取边或节点的“data”标记以打印边权重和节点标记“name”。在

这不适合我：

weights = graph.findall(graphml.get("weight"))

最后一个列表总是空的。为什么？我错过了一些东西，但不明白是什么。在

Answer 1

不能一次完成，但对于找到的每个节点，可以使用数据的键/值构建dict：

graph = tree.find(graphml.get("graph"))
nodes = graph.findall(graphml.get("node"))
edges = graph.findall(graphml.get("edge"))

for node in nodes + edges:
    attribs = {}
    for data in node.findall(graphml.get('data')):
        attribs[data.get('key')] = data.text
    print 'Node', node, 'have', attribs

结果是：

^{pr2}$