擅长:python、mysql、java
<p>高性能的MD实现往往是绝对必要的(与功能相反),大数组的数据胜过面向对象的设计。我曾经和<a href="http://lammps.sandia.gov/" rel="noreferrer">LAMMPS</a>合作过,虽然它有缺点,但它确实能完成任务。一个可能更吸引人的选择是<a href="http://codeblue.umich.edu/hoomd-blue/" rel="noreferrer">HOOMD</a>,它从一开始就针对带有CUDA的Nvidia GPU进行了优化。HOOMD并没有LAMMPS的所有特性,但是它的接口似乎更好(可以从Python编写脚本),而且性能非常好。在</p>
我实际上已经使用了一个高级面向对象的设计实现了自己的MD代码(java和斯卡拉),并且与流行C++和Cu+/CUDA的流行MD实现相比,发现了令人失望的性能。如今,似乎很少有科学家编写他们自己的MD实现,但是能够修改现有的MD实现是很有用的。在</p>