python脚本慢读写gz文件

Question

我有一个xxx.wig.gz文件，其中有3000000000行，格式如下：

fixedStep chrom=chr1 start=1 step=1
0
0
0
0
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
...
fixedStep chrom=chr2 start=1 step=1
0
0
0
0
0
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
...

我想

1. 用“色度”来分解它。所以每当我读到以“fixedstep”开头的行时，我都会创建一个新文件并关闭旧文件。在
2. 我想要0/1输出，通过比较每个值与一个“阈值”，pass=1否则为0

下面是我的python脚本，它运行得非常慢（我计划它完成大约10个小时，到目前为止，2个染色体在~1个小时后完成）

有人能帮我改进一下吗？在

^{pr2}$

我想awk可以做得更快，但我不擅长awk

Answer 1

感谢Summer编辑文本。
我在脚本中添加了缓冲读/写功能，现在它的速度快了好几倍（不过还是比较慢）：

import io    
f  = io.BufferedReader( gzip.open(fn) )    
fo   = io.BufferedWriter( gzip.open(fo_base + "." + fon + fo_ext,'wb') )