目前这是我的python脚本(TagGen),它有一个函数:
def SJtag(file,len_tag):
import csv
reader = csv.reader(open(file), dialect='excel-tab' )
for row in reader:
qstarts = row[1].split(",")[1:-1]
n = len_tag/2
for i in qstarts:
name = row[0]
start = int(i)-n
if start<0:
start = 0
end = int(i)+n
if end>len(row[2]):
end=len(row[2])
tag = row[2][start:end]
print name, i, tag, len(tag)
SJtag("QstartRefseqhg19.head",80)
我想使用bash comand line给出SJtag函数的文件和len峈标记参数,如下所示:
^{pr2}$我该怎么做,或者类似的事情?
谢谢你的帮助!在
我建议使用} 。在你的情况下,你需要做的就是:
argparse
和一个很好的包装器^{…并且
plac
将处理所有事情,因为它能够从函数的签名中找出要使用的命令行参数。非常酷,查看文档了解更多(它可以做更多)。在你可以用argparse module来表示。在
从文件上看
如果您使用的python版本早于2.7,那么应该使用optparse模块来实现类似的效果。在
sys.argv
是参数列表,第一个元素是脚本名称。这是一个字符串列表,因此如果任何参数是数字,则必须使用int()
或{所以,如果你这样调用脚本:
^{pr2}$sys.argv
将是:在您的情况下,您可以将脚本设置为:
相关问题 更多 >
编程相关推荐