我正在测试我的python脚本:
#!/usr/bin/python
import os,sys
import glob
import commands
import gzip
from itertools import islice
f1=gzip.open("/home/xug/scratch/test_trim.fastq","w")
LIST=[]
N = 4
with open("/home/xug/scratch/test.fastq", "r") as f:
while True:
line_group = list(islice(f, N))
if not line_group:
break
l3=line_group[3].rstrip()
l3_trim=commands.getoutput("sed 's/\(.\)B*$/\1/g'" + l3)
#l3_to = subprocess.Popen(["sed 's/\(.\)B*$/\1/g'",l3],
#stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
#l3_trim=l3_to.stdout
if ( float(len(l3_trim))/float(len(l3)) > 0.70 ):
LIST.append(line_group[0])
LIST.append(line_group[1][:int(len(l3_trim))])
LIST.append(line_group[2])
LIST.append(l3_trim)
output=f1.writelines(LIST)
但是我有错误,比如:
^{pr2}$最终结束while循环。。。。在
(继续上述评论)
要使用Python的内置
re
模块从字符串中删除尾随的B
,请尝试:相关问题 更多 >
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