如何在多索引pandas数据帧中选择嵌套列

Question

我创建了一个3D熊猫数据帧，如下所示：

A=  ['ECFP', 'ECFP', 'ECFP', 'FCFP', 'FCFP', 'FCFP', 'RDK5', 'RDK5', 'RDK5']

B = ['R', 'tau', 'RMSEc', 'R', 'tau', 'RMSEc', 'R', 'tau', 'RMSEc']

C = array([[ 0.1 ,  0.3 ,  0.5 ,   nan,  0.6 ,  0.4 ],
       [ 0.4 ,  0.3 ,  0.3 ,   nan,  0.4 ,  0.3 ],
       [ 1.2 ,  1.3 ,  1.1 ,   nan,  1.5 ,  1.  ],
       [ 0.4 ,  0.3 ,  0.4 ,  0.8 ,  0.1 ,  0.2 ],
       [ 0.2 ,  0.3 ,  0.3 ,  0.3 ,  0.5 ,  0.6 ],
       [ 1.  ,  1.2 ,  1.  ,  0.9 ,  1.2 ,  1.  ],
       [ 0.4 ,  0.7 ,  0.5 ,  0.4 ,  0.6 ,  0.6 ],
       [ 0.6 ,  0.5 ,  0.3 ,  0.3 ,  0.3 ,  0.5 ],
       [ 1.2 ,  1.5 ,  1.3 ,  0.97,  1.5 ,  1.  ]])

df = pd.DataFrame(data=C.T, columns=pd.MultiIndex.from_tuples(zip(A,B)))
df = df.dropna(axis=0, how='any')

最终的数据帧如下所示：

^{pr2}$

如何才能仅获得所有类型数据（“ECFP”、“FCFP”、“RDK5”）的“R”值之间的相关矩阵？在

Answer 1

这两个答案都有效，但首先我必须使用lexstort，否则会出现以下错误：

KeyError: 'MultiIndex Slicing requires the index to be fully lexsorted tuple len (2), lexsort depth (1)'

解决方案是：

^{pr2}$

Answer 2

使用IndexSlice：

In [53]: df.loc[:, pd.IndexSlice[:, 'R']]
Out[53]:
  ECFP FCFP RDK5
     R    R    R
0  0.1  0.4  0.4
1  0.3  0.3  0.7
2  0.5  0.4  0.5
4  0.6  0.1  0.6
5  0.4  0.2  0.6

Answer 3

通过使用slice

df.loc[:,(slice(None),'R')]
Out[375]: 
  ECFP FCFP RDK5
     R    R    R
0  0.1  0.4  0.4
1  0.3  0.3  0.7
2  0.5  0.4  0.5
4  0.6  0.1  0.6
5  0.4  0.2  0.6