为什么R库“ssw”找不到通过pip3安装的python模块，尽管pip3模块安装已满足要求？

Question

我在Ubuntu 20.04.1 LTS focal上，使用R。我想在R中安装一个库来执行基于Smith-Waterman算法的局部序列比对，但要通过更快的实现

R库是ssw，可以在这里找到：https://github.com/nanxstats/ssw-rclick link to github repo

描述：ssw-r为ssw提供了一个r接口，ssw是Smith-Waterman算法的快速实现，用于使用SIMD进行序列比对。ssw-r目前构建在Python包ssw-py

当我尝试按照README.md步骤安装它时

• remotes::install_github("nanxstats/ssw-r")，执行良好
• reticulate::use_python("/usr/local/bin/python3")，也执行fine
• library("ssw")加载库甚至执行得很好
• "ACGT" %>% align("TTTTACGTCCCCC")，运行示例不会执行fine，从而产生以下错误：

> "ACGT" %>% align("TTTTACGTCCCCC")
Error: Python module ssw was not found.

Detected Python configuration:

python:         /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python
libpython:      /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/libpython3.6m.so
pythonhome:     /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate:/root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate
version:        3.6.11 | packaged by conda-forge | (default, Aug  5 2020, 20:09:42)  [GCC 7.5.0]
numpy:          /root/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/lib/python3.6/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.1

我已经按照通过请求的README.md安装了ssw-py

$ sudo pip3 install ssw-py
Requirement already satisfied: ssw-py in /usr/local/lib/python3.8/dist-packages (0.2.6)

我不确定依赖项有什么问题。第一次在R中安装ssw时，系统会提示我是否要安装miniconda，并选择“是”。我没有在系统上安装anaconda。（在Ubuntu bionic 18.04上，我成功地安装了anaconda，无论我在Focus上尝试了多少次，它都无法工作，例如安装程序最初将它放在一个小文件中的/root/anaconda3中）

要使此库ssw正常工作，我需要修复什么

Answer 1

我在语句library("ssw")之前使用了这个命令，成功地解决了这个问题：

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "/usr/bin/python3")

README.mdreticulate::use_python("/usr/local/bin/python3")中规定的语句没有连接到python安装，这条语句可以在我的系统上运行。这是通过以下途径发现的：

$ which python3
/usr/bin/python3

然后使用此目录作为python连接的系统环境