Nextflow Channel.watchPath()方法

2024-10-08 19:27:52 发布

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我试图使用nextflow从python脚本中获得一些并发性,这样我的一些数据流就不会使用传统的nextflow理念

在我的第一个过程中,我通过调用python脚本创建文件,在我的第二个过程中,我希望使用创建的文件

我创建了一个新的通道,用于监视创建文件的路径,但似乎什么都没有发生。我使用.fromPath方法进行了测试,我的过程是成功的,所以我不确定出了什么问题

mutFiles = Channel.watchPath(launchDir + '/output/mutFiles/*.mutfile')


process structurePrediction{

    input:
    file mutFiles

    output:
    stdout results


    """
    test.py ${mutFiles}
    """

}


Tags: 文件方法路径脚本output过程channel传统

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