对远程数据库使用multiFASTA文件执行BLAST搜索的最快方法

Question

我有一个包含125个蛋白质序列的多重FASTA文件。我需要对远程nr数据库执行BLASTP搜索。我尝试使用NcbiblastpCommandline，但问题是它只接受文件作为输入。由于我的文件有大量的序列，我得到了这个错误

ERROR: An error has occurred on the server, [blastsrv4.REAL]:Error: CPU usage limit was exceeded, resulting in SIGXCPU (24).

一次将多个FASTA文件中的每个序列存储到一个单独的文件中是可行的，但是BLAST搜索变得非常慢（平均约10分钟/查询，而在NCBI站点上约1分钟/查询）

blastp_results = []
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
from Bio import SeqIO
record_iterator = SeqIO.parse("AmpB_DEPs.fasta", "fasta")

for record in record_iterator:
    entry = str(">" + i.description + "\n" + i.seq)
    f1 = open("test.txt", "w")
    f1.write(entry)
    f1.close()
    f2 = open("test.txt", "r")
    blastp_cline = NcbiblastpCommandline(query = 'test.txt', db = 'nr -remote', evalue = 0.05, outfmt = '7 sseqid evalue qcovs pident')
    res = blastp_cline()
    blastp_results.append(res)
    f2.close()

我还尝试使用NCBIWWW.qblast，但它似乎没有在输出中提供查询覆盖率信息，这对我的研究很重要

有人能提出一种方法来处理这个问题，而不牺牲搜索空间或BLAST的默认参数吗？对于在其他语言（如PERL、R等）中实现BLAST的建议也将不胜感激