使用for循环向表中添加新行：python

Question

在搜索了两个正则表达式的DNA序列后，我试图创建一个.bed文件。理想情况下，我希望生成一个选项卡分隔的文件，其中包含序列描述、第一个正则表达式的开始位置和第二个正则表达式的结束位置。我知道regex部分是有效的，它只是创建了\t我正在处理的分离文件

我希望我可以打开/创建一个文件，只需为包含此信息的for loop的每次迭代打印一行新行，如下所示：

with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object:
    for line in file_object:
        print(f'{sequence.description}\t{h.start()}\t{h_rc.end()}')
file_object.close()

但这似乎不起作用（创建空文件）。我还尝试使用file_object.write，但这同样会创建一个空文件

这是我所有的代码，包括搜索正则表达式：

import re, sys

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord

infile = sys.argv[1]

for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"):
    hit = re.finditer(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA", str(sequence.seq))
    mimp_length = 400
    for h in hit:
        h_start = h.start()
        hit_rc = re.finditer(r"TT[TA]TTGC..CCCACTG", str(sequence.seq))
        for h_rc in hit_rc:
            h_rc_end = h_rc.end()
            length = h_rc_end - h_start
            if length > 0:
                if length < mimp_length:
                    with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object:
                        for line in file_object:
                            print(sequence.description, h.start(), h_rc.end())
                    file_object.close()

这是所需的输出：

Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)    2   208
Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)  2   223
Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882)  2   224
Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809)  2   216

这是示例输入：

>Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)
TACAGTGGGATGCAAAAAGTATTCGCAGGTGTGTAGAGAGATTTGTTGCTCGGAAGCTAGTTAGGTGTAGCTTGTCAGGTTCTCAGTACCCTATATTACACCGAGATCAGCGGGATAATCTAGTCTCGAGTACATAAGCTAAGTTAAGCTACTAACTAGCGCAGCTGACACAACTTACACACCTGCAAATACTTTTTGCATCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)
TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTCTGCCGCTAGCCCATTTTAACAGCTAGAGTGTGTATATTAACCTCACACATAGCTATCTCTTATACTAATTGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTGTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882)
TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTTCTGCCGCTAGCCTATTTTAATAGTTAGAGTGTGCATATTAACCTCACACATAGCTATCTTATATACTAATCGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTCTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA
>Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809)
TACAGTGGGATGCAATAAGTTTGAATGCAGGCTGAAGTACCAGCTGTTGTAATCTAGCTCCTGTATACAACGCTTTAGCTTGATAAAGTAAGCGCTAAGCTGTATCAGGCAAAAGGCTATCCCGATTGGGGTATTGCTACGTAGGGAACTGGTCTTACCTTGGTTAGTCAGTGAATGTGTACTTGAGTTTGGATTCAAACTTATTGCATCCCACTGTA

有人能帮忙吗

谢谢：）

Answer 1

您正在尝试以“a+”模式打开文件，并在其中的行上循环（这样做时，文件位于末尾，因此将找不到任何内容）。在任何情况下，如果这只是一个输出文件，那么您将以“a”模式打开它以附加到它

可能您只想打开一次文件进行追加，在with语句中，当您想要实际向文件追加字符串时，使用file_object.write(...)执行主循环。请注意，使用此with构造时不需要file_object.close()

with open("Mimp_hits.bed", "a") as file_object:
    for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"):
        # ... etc per original code ...
                    if length < mimp_length:
                        file_object.write("{}\t{}\t{}\n".format(
                                sequence.description, h.start(), h_rc.end()))

Answer 2

要将一行写入文件，您可以执行以下操作：

with open("file.txt", "a") as f:
    print("new line", file=f)

如果你想让它分开，你也可以添加sep="\t"，这就是为什么python 3制作了^{} a function，所以你可以使用sep、end、file和flush关键字参数

打开文件进行追加意味着文件指针从文件末尾开始，这意味着写入文件不会覆盖任何数据（被追加到文件末尾），而对其进行迭代（或从中读取）不会产生任何类似于已到达文件末尾的效果

因此，您不需要迭代文件的行，而只需将单行写入其中：

                with open("Mimp_hits.bed", "a") as file_object:
                    print(sequence.description, h.start(), h_rc.end(), file=file_object)

你也可以考虑打开一个文件在循环的开始附近，因为打开一次，写多次比打开多次效率更高，而且Fube会自动关闭文件，所以不需要显式地执行。p>