使用python(主要是RDKit)计算化学指纹

2024-09-29 02:25:46 发布

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我正在寻找用于计算化学指纹的python包。我对此有点陌生,我很难找到一个通俗易懂的解释

我发现RDKit提供了一些可能性,但我似乎不能正确地使用它们。 如果您对使用python计算指纹有其他建议,我欢迎您的建议

我可以提供微笑列表:

Cc1ccc(C)c(NS(=O)(=O)c2ccc(NC(=O)c3cn(CCO)c4c(cc(O)c5ncccc54)c3=O)cc2)c1 Cc1cc(SCc2nnc(-c3ccc(Br)cc3)n2N)nc(SCc2nnc(-c3ccc(Br)cc3)n2N)n1 Cc1cc(C)c2c(n1)nn1c(N)c(C(=O)Nc3ccc4c(c3)C(=O)c3ccccc3C4=O)nnc21 O=C(Nc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc([N+](=O)[O-])c2)cc1)c1cn(CCO)c2c(cc(O)c3ncccc32)c1=O CCOC(=O)c1cn(Cc2ccc(C#N)cc2)c2cc(C(F)(F)F)ccc2c1=O

根据我到现在为止的理解,我可以得到一列,每个微笑都有指纹,它们应该是二进制的。(例如,fingeprint1为第一个微笑提供1,为第二个微笑提供0,依此类推)。 因此,如果我计算五个指纹,我将得到五列指纹

Rdkit在其网站上有这样一个描述符列表:https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#list-of-available-fingerprints,但我不知道如何以我上面解释的方式访问它们

我希望我提供了所有必要的信息。如果不是这样,我道歉

谢谢你的帮助


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