使用Python3和imageio错误保存.tif图像

Question

我正试图在Python3中保存一个经过修改的z-stack.tif文件。这是我的代码，我在其中检查了函数是否按预期工作

#libraries
import imageio as ii

#import initial image
fname='101_nuc1syg1.tif'
adata = ii.volread(fname)

#check to make sure volread works
ii.volsave('temp.tif', adata)

其结果是：

现在，当我尝试使用以下代码执行一个简单的阈值时：

#now doing very simple thresholding
bdata  = adata < adata[0].mean()

bdata = bdata +0

ii.volsave('temp.tif', bdata)

我明白了：

在对tif文件执行图像操作后，您知道如何正确保存该文件吗

编辑：请注意，我可以提取每个堆栈并将它们保存为单独的.png文件，但我更希望将它们保存为单个.tif文件

数据来自：https://www.nature.com/articles/s41467-020-15987-2

Answer 1

看起来需要将bdata类型转换为np.uint8，并将结果乘以255

• 表达式的类型（adata<；adata[0].mean（））是np.bool。
  常见的图像类型是np.uint8。
  将(adata < adata[0].mean())转换为np.uint8类型：

   bdata  = (adata < adata[0].mean()).astype(np.uint8)
  

• 将结果转换为np.uint8时，所有True元素将转换为1，而False元素将转换为0。
  乘以255将True元素转换为255（白色）：

   bdata = bdata * 255
  

---

完整代码：

import imageio as ii
import numpy as np

#import initial image
fname='101_nuc1syg1.tif'
adata = ii.volread(fname)

#now doing very simple thresholding
bdata  = (adata < adata[0].mean()).astype(np.uint8)

bdata = bdata * 255  # Convert ones to 255 (255 is white color)

ii.volsave('temp.tif', bdata)

注：
我无法测试我的答案-您发布的链接不包含指向图像的链接