找出一个核苷酸在同一位置出现的次数

Question

我是python新手，我试图解决一个问题，我得到了一些dna序列，例如： sequences = ["GAGGTAAACTCTG", "TCCGTAAGTTTTC", "CAGGTTGGAACTC", "ACAGTCAGTTCAC", "TAGGTCATTACAG", "TAGGTACTGATGC"]

我想知道核苷酸“A”在所有这些序列的每个位置上的次数（答案应该是“A”）：[1,4,1,0,0,3,4,1,1,3,0,2,0]。 我想做的是：

'A_pos = {"A":[sum(int(i[0]=="A") for i in sequences), sum(int(i[1]=="A") for i in sequences), sum(int(i[2]=="A") for i in sequences),'

依此类推到索引中的每个位置。 我试图让它一次检查所有的位置，而不是手动做每个位置

Answer 1

这将同时迭代每个索引，并为每个核苷酸出现添加一个索引

result = {'A': 13*[0], 'G': 13*[0], 'T': 13*[0], 'C': 13*[0]}
for index, sequence in enumerate(zip(*sequences)):
    for nucleotide in sequence:
        result[nucleotide][index] += 1

输出：

{'A': [1, 4, 1, 0, 0, 3, 4, 1, 1, 3, 0, 2, 0], 'G': [1, 0, 4, 6, 0, 0, 1, 3, 1, 0, 0, 1, 2], 'T': [3, 0, 0, 0, 6, 1, 0, 2, 3, 3, 2, 3, 0], 'C': [1, 2, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 4, 0, 4]}